随着我国经济发展，近几年我国医药制造行业取得了飞速的发展，特别是我国医疗体制改革的不断推行和相关政策的不断出台，给我国医药制造行业的发展带来了希望和动力，但是在过程中仍然存在着很多问题。作为生产企业其最主要的目的是盈利，企业的盈利能力是投资者注资、企业绩效评价和财务分析中最重要的评价指标，也是企业管理人员经营业绩的重要体现，是提高职工福利的有效保障。然而医药制造行业作为关乎国计民生的特殊生产企业，不仅要关注盈利水平和盈利质量，还需要关注人民的切身利益。因此，关注医药制造企业运行现状、研究其发展和盈利能力的影响因素，对我国医药制造行业的发展、人们生活水平质量的提高有直接的现实意义。　　本文研究是在对国内外研究盈利能力相关文献的基础上，创新性的选取了7个盈利能力评价指标构建评价体系，以2011-2013年我国99家医药制造企业为样本数据进行实证分析。首先从7个盈利能力指标出发，对医药制造行业整体发展水平进行描述性统计分析，运用SPSS、EXCEL软件对行业盈利能力作因子分析，得出综合因子得分和企业排名。然后对盈利能力的影响因素作描述性统计分析，在对其整体把握的前提下，我们利用回归模型，以企业盈利能力综合得分为因变量，各影响因素为自变量对我国医药制造企业盈利能力的影响因素进行深入探讨。根据因子分析和回归分析结果，发现我国医药制造企业存在资本结构不合理、研发投入少、没有合理有效地纳税筹划等问题。针对以上问题，我们从企业资本结构、产品研发创新能力和税收筹划等6个维度提出如合理估计负债融资规模、提高企业研发创新能力以及合理有效地进行纳税筹划等相应建议。　　本文创新之处主要体现在盈利能力评价指标体系的构建上，没有单一的考虑资产负债表和利润表，而是结合了现金流量表，弥补了资产负债表和利润表的缺陷，更加全面真实可靠地反映企业财务现状。并且在对企业盈利能力影响因素的探讨中加入了税收效应和社会责任。希望能抛砖引玉，对医药制造行业的发展以及相关政策的制定发挥一定的参考和指导作用。