随着环境问题的日趋严重,许多发达国家把企业环境绩效审计作为评价和改善企业环境管理效果的重要手段之一,而我国有关企业环境绩效审计的研究还比较少,对企业环境绩效审计的含义和目标缺乏深入研究。理论研究的缺失使得现有的评价指标体系存在诸多问题,如孤立了环境与企业经济的关系、缺乏与效益指标的结合、缺乏实用性和可操作性等。这导致环境绩效审计不能客观、准确的评价,企业管理层在使用环境绩效审计报告时不能有效制定改善企业环境行为的方案。本文根据可持续发展理论、经济外部性理论、生态经济学理论,并以环境与财务双赢观为导向对环境绩效审计现有问题的成因进行了分析,认为主要是对企业环境绩效审计的一般目标和具体目标定位不全面,忽略了环境绩效审计的审计建议功能,企业环境绩效指标缺乏可比性。针对上述问题,依据国内外环境审计和绩效审计的相关理论,本文深入研究了环境绩效审计在企业范畴内的审计目标,总结归纳了环境绩效审计评价指标的相关理论,在此基础上,结合生态效率指标构建了生态效率比率评价模型,利用企业生态效率综合比率实现企业环境行为的可比性,利用企业生态效率横向比率指出企业环境行为的改进方向,并以A核电站为例,将其与M钢铁厂及其他核电站做了对比分析,详细说明了本文所提出的评价指标体系的可行性及使用方法。