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目的:本研究通过对慢性粒单核细胞白血病患者进行全基因组测序,旨在增加对肿瘤发生过程中分子遗传学异常的认识,寻找与疾病相关的新的体细胞突变。 研究对象和方法:对3例确诊 CMML患者标本进行了全基因组测序分析。基因组 DNA来源于患者初诊时的骨髓标本以及口腔粘膜标本。DNA提取后首先通过Covaris系统片段化成大约350 bp的片段。然后对这些片段进行末端修复,加A尾,双端加上接头序列,再用PCR扩增构建文库。所得的DNA文库利用Illumina HiSeq X平台进行150碱基长度的双端测序。测序结果与参考序列比对,并通过生物信息学分析筛选候选体细胞突变。选择的突变最后通过PCR和Sanger测序进行验证。 结果: 1.3例初诊CMML患者的骨髓样本和正常对照的口腔粘膜组织样本进行了全基因组测序分析,总共获得了806.43Gb的原始数据量,最小平均测序深度为30.76×,6份样本的全基因组覆盖率均达到98%以上。 2.分别在3例CMML患者中发现了2184个、5039个和1945个体细胞单核苷酸突变,其中位于外显子编码序列区域的突变分别为10个、31个和8个。体细胞插入/缺失在3例患者中的分布分别为35个、71个和27个,但仅有1个移码插入/缺失位于外显子编码序列区域。 3.根据基因注释结果,确定了22个具有蛋白改变功能的体细胞突变,分别为1个外显子移码插入/缺失、18个错义单核苷酸突变、2个终止子增加突变和1个终止子丢失突变。 4.为了筛选出新的 CMML相关突变,我们检索了 dbSNP数据库以及COSMIC肿瘤体细胞突变数据库,确定了5个候选突变,并进行了PCR和Sanger测序验证,最后成功验证了3个错义单核苷酸突变,分别定位于基因AKAP4、COL2A1和MAML1。 结论: 1.在分子遗传学层面,CMML所涉及的突变基因复杂多样,具有高度异质性。 2.通过对3例CMML患者进行全基因组测序以及Sanger测序验证确定了新的体细胞突变,这些突变可能有助于CMML疾病的发生。 3.定位于基因AKAP4、COL2A1以及MAML1的3个新的错义突变,这些体细胞突变为下一步潜在治疗靶点的研究提供了分子基础。