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本试验通过比较坝上长尾鸡和海兰褐耐寒力差异显著品种线粒体基因、UCP3基因在品种间的变异，克隆并分析EHHADH基因cDNA序列，试图发现坝上长尾鸡抗寒性能的潜在机理。结果显示，坝上长尾鸡存在9个特有的错义突变，全部为NADH脱氧酶复合体的亚单位，其中，ND2-T5718C、ND3-T11077C、ND4L-T11371G、ND4L-G11406A、ND5-T13219C、ND5-G13887A、ND5-C14493T对蛋白一级、二级结构均有影响。发现在长尾鸡和海兰褐存在4个频率差异较大的错义突变位点，包括3个是细胞色素C氧化酶的亚单位，分别为COⅠ-T8070C、COⅡ-T8464C和COⅢ-A10072G，另一个为ATPase6-G9797A基因。COⅠ-T8070C、COⅡ-T8464C、ATPase6-G9797A对蛋白一级、二级结构均有影响。EHHADH基因的CDS编码区序列共1824bp，编码607个氨基酸。359-383位氨基酸有3-羟酰辅酶A脱氢酶(3HCDH)标记。因此推测，坝上长尾鸡的抗寒适应能力，可能与NADH脱氧酶复合体的亚单位、细胞色素C氧化酶的亚单位、ATPase6基因和EHHADH基因的功能有关。基于坝上长尾鸡MtDNA D-loop序列8种单倍型，采用邻接法，构建了坝上长尾鸡和红色原鸡5个亚种的系统发育树。聚类结果提示，坝上长尾鸡起源不同红色原鸡亚种，并有多个母系起源。基于线粒体基因全序列，采用NJ法构建了坝上长尾鸡与其他鸟类的系统发育树。聚类结果，坝上长尾鸡与原鸡滇南亚种先聚为一类，原鸡滇南亚种对坝上长尾鸡的形成过程做出的贡献最大。