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应用RAPD和ISSR标记对木兰科6属20种植物的遗传多态性和亲缘关系进行分析，比较属间、属内的遗传差异，并结合前人的研究结果，对木兰科6属及属下类群的系统位置进行探讨，旨在为木兰科植物的系统分类及其它研究提供实验依据。研究结果如下：（1）建立了适合于木兰科6属20种植物DNA提取的改良CTAB法Ⅰ，用该法提取的DNA能满足RAPD和ISSR分析的要求；（2）采用单因素结合均匀试验设计优化得到适合于木兰科6属20种植物RAPD和ISSR分析的PCR体系。优化的RAPD-PCR体系为：Mg2+3.0 mmol／L、dNTP 0.15 mmol／L、引物0.40μmol／L、模板DNA20 ng／20μL、Taq DNA聚合酶1 U；优化的ISSR-PCR体系为：Mg2+ 1.00mmol／L、dNTP 0.20 mmol／L、引物0.40μmol／L、模板DNA 40 ng／20μL、Taq DNA聚合酶1 U；（3）分别从112条RAPD引物和99条ISSR引物中筛选出14条RAPD引物和12条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析。14条RAPD引物共检测到287个位点，其中多态位点占99.30％，Nei’s基因多样度为0.3591，Shannon信息指数为0.5334；12条ISSR引物共检测到222个位点，且222个位点都是多态的，Nei’s基因多样度为0.3477，Shannon信息指数为0.5218。RAPD和ISSR分析都表明木兰科6属20种植物具有丰富的遗传多态性；（4）基于RAPD和ISSR扩增条带数据建立了相应的Nei’s（1979）遗传距离矩阵，以及UPGMA树图。基于RAPD标记和ISSR标记构建的树图，两者趋势大致相近，但不完全相同；（5）综合木兰科6属20种植物的RAPD和ISSR分析结果，支持鹅掌楸属、木莲属、拟单性木兰属和观光木属的独立；建议重新界定木兰属的范围，并成立玉兰属；建议取消含笑属下亚属和组的划分，设为含笑属。