三阴性乳腺癌易感基因突变的筛选与临床评估

来源 :天津医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wumdk
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目的:1.探讨三阴性乳腺癌患者临床病理学特征与预后。2.探讨分析三阴性乳腺癌患者BRCA1/2致病性胚系突变情况及其与临床病理资料的相关性。3.探讨分析三阴性乳腺癌患者除BRCA外其他肿瘤易感基因致病性胚系突变情况及其与临床病理资料的相关性。4.探讨分析三阴性乳腺癌患者肿瘤易感基因意义未明突变情况及其与临床病理资料的相关性。5.探讨分析三阴性乳腺癌患者多基因胚系突变与预后的相关性。方法:1.患者纳入与标本收集:纳入经病理确诊的三阴性乳腺癌患者外周血液标本100例。收集患者外周全血标本5ml,-80℃冻存。收集患者临床病理学数据,患者均每半年进行一次随访复查,并通过电话对患者进行随访。2.DNA提取及二代测序:使用试剂盒提取外周血白细胞基因组DNA,并对DNA进行纯化及质控。运用包含115个基因的测序面板对外周血DNA进行建库杂交及二代高通量测序,包括21个遗传性乳腺癌/卵巢癌相关基因及94个其他恶性肿瘤相关基因或DNA损伤修复通路相关基因。检测包括外显子、侧翼30bp内含子区域以及已知的致病区域。3.测序结果分析:将单核苷酸多态性定义为在人群中突变频率大于1%或之前文献报道的多态性或与遗传规律明显矛盾者。将致病性突变定义为导致蛋白质截断性改变者,包括无义突变、剪接变异、导致移码突变的插入或缺失。另外,CNV及已有文献报道的有害突变也认为是致病性突变。意义未明突变使用Poly Phen-2软件进行功能学预测,综合分析其致病性。结果:1.纳入的100例三阴性乳腺癌患者中位发病年龄为51.5岁(20-75岁),其中9例患者有乳腺癌家族史,13例有其他肿瘤家族史,包括胃癌、结直肠癌、肝癌、肺癌及卵巢癌。2.在100例三阴性患者中,共有9例患者发生BRCA1/2胚系致病性突变,其中BRCA1突变5例(5/100),BRCA2突变4例(4/100)。其中,BRCA1基因的移码突变c.3296del C突变,c.54705477del ATTGGGCA突变并没有相关文献报道。同时检测到1例患者BRCA1基因的CNV突变:BRCA1基因EX3-8外显子缺失。BRCA2基因的移码突变c.76797680del TT和c.1856del A没有相关文献报道。同时检测到BRCA2基因无义突变c.8970G>A和c.5959C>T。在91例未携带BRCA1/2致病性突变的患者中,11例患者携带BRCA1/2意义未明突变。其余80例患者则不携带BRCA1/2突变。3.在100例三阴性乳腺癌中检测出13个除BRCA1/2之外的其他基因致病性突变,突变基因包括PALB2(3%),MUTYH(3%),ATM,GALNT12,HMMR,MSR1,NTRK1,SDHC及VHL(1%)。携带致病性基因突变的三阴性乳腺癌患者淋巴结转移分期较晚,差异有统计学意义(P=0.040)4.在100例三阴性乳腺癌患者的115个基因中总共检测出183个意义未明突变(VUS),平均每例三阴性乳腺癌患者检出VUS数为1.83个,在115个基因中,有49个基因被检出VUS,每个基因中位VUS数为3,从13个(BRIP1,AXIN2)到1个(CTNNA1,PIK3CA,SDHC等)不等。使用Polyphen-2软件对VUS进行预测,104个(56.8%)为良性突变,40个(21.9%)为可能致病突变,28个(15.3%)为极有可能致病突变,11个(6.0%)不确定。与基因野生型患者相比,BRCA1、VHL基因突变携带者发病年龄较早,而MUTYH基因突变携带者发病年龄较晚。5.在纳入的100例三阴性乳腺癌患者中,随访时间达5年的共40例。依据多基因测序结果,对三阴性乳腺癌患者的临床病理指标及预后进行准确评估,定义量化评估系统,Kaplan-Meier分析显示基因评分<5分组DFS显著高于评分≥5分者,差异有统计学意义(P=0.0439),因此可以认为在三阴性乳腺癌中高突变组患者无病生存期较短。两组患者总生存期差别有一定趋势,无统计学意义(P=0.0615)。结论:1.三阴性如腺癌患基因胚系突变较为常见,其中BRCA1/2突变率最高,BRCA1为5%,BRCA2为4%,其他检测出致病性突变的基因包括PALB2,MUTYH,ATM,GALNT12,HMMR,MSR1,NTRK1,SDHC及VHL。2.平均每例三阴性如腺癌患者检出VUS数为1.83个,每个基因中位VUS为3个,其中BRIP1及AXIN2意义未明突变最为常见。3.三阴性乳腺癌发生发展是多基因改变的共同结果,低外显率基因多态性的累加结果可能是三阴性乳腺癌发展的关键。多基因评分累加后,具有较高基因组不稳定的三阴性乳腺癌预后不良有关,是影响三阴性乳腺癌患者5年DFS的独立预后因素。
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