论文部分内容阅读
目的通过meta分析方法汇总近年来炎性基因多态性与胃癌的关联研究,合并效应量分析筛选出与胃癌相关的炎性基因多态性位点,使用通过实验验证后的多态性位点,建立结合炎性基因多态性位点和传统环境危险因素的胃癌个体化风险评估评分规则,并进行初步内部验证。方法1.基于meta分析的炎性基因多态性与胃癌的关联研究及流行病学评价(1)将胃癌、炎性基因、多态性作为主题词并与自由词进行组合,收集在七大数据库(中国知网、万方、维普、Embase、Web of Science、Pubmed、Cochrane 数据库)上发表至今研究对象为中国汉族人群的文献研究资料。使用NOS量表进行研究的质量评价。(2)使用STATA 15.0软件对炎性相关基因的各多态性位点研究进行合并效应量比值比(Odds ratio,OR)及95%可信区间(95%Confidence Interval,95%CI)的计算及发表偏倚的检查。使用假阳性报告率(False positive report probability,FPRP)对其合并结果的真实关联性进行检验。(3)使用归因危险度百分比(A tributable Risk Percent,ARP)和人群归因危险度百分比(Population Attributable Risk Proportion,PARP)对其效应进行流行病学评价。2.炎性多态性位点与胃癌易感性关联的实验验证(1)以660例病理学或组织学确诊的胃癌患者作为病例组,660例与其性别、年龄频数匹配的健康人群作为对照组进行病例对照研究。使用荧光多重酶连接反应基因分型技术进行实验基因分型,盲法判读分型结果。(2)通过拟合优度卡方检验方法检验对照人群中的基因型分布是否符合遗传学哈迪-温伯格平衡定律。通过非条件逻辑回归方法分析炎性多态性位点与胃癌的关联性并确定位点的最佳拟合遗传模型。(3)使用Mantel-Haenszel方法进行环境因素的层间差异分析及比较。使用Cochran-Armitage检验方法评价炎性基因多态性位点突变数目与胃癌发生风险的趋势性关联。3.胃癌发生风险评估评分规则的建立及验证(1)将实验验证确定的研究对象随机分组,2/3研究对象为训练组,1/3研究对象为验证组。训练组中分别基于炎性基因多态性位点、基于传统环境危险因素、结合炎性基因多态性位点和传统环境危险因素进行多因素逻辑回归分析,建立风险评价模型。比较三模型之间的评价指标后,选择最优模型作为胃癌风险个体化评估评分规则建立的基础。(2)通过受试工作者曲线(Receiver Operating Characteristic curve,ROC)及曲线下面积(Areaunder Curve,AUC)、净重新分类指数(Net ReclassificationIndex,NRI)、Brier 分数(Brierscore,BS)、Hosmer-Lemeshow检验、灵敏度(Sensitivity,Sen)、特异度(Specificity,Spe)、准确度(Accuracyrate,AR)、阳性预测值(Positivepredictive value,PPV)、阴性预测值(Negative predictive value,NPV)、阳性似然比(Positive likelihood ratio,+LR)、阴性似然比(Negative likelihood ratio,-LR)指标进行模型整体评价和模型间比较。(3)根据最优风险模型中的回归系数β值建立风险评估评分规则,并在验证组中进行内部验证。使用ROC及AUC评价比较其评分规则在训练组和对照组的预测效能。评分规则的表现性评价通过Sen、Spe、AR、PPV、NPV、+LR、-LR 指标进行评价。结果1.共纳入87篇文章,151个多态性位点研究,以进行合并效应量定量综合分析。高质量研究(NOS≥7分)占比为43.71%(66/151)。中高质量研究且两个以上遗传模型与胃癌有关联的位点共有7个,分别为Cox-2 rs20417、IL-10 rs1800896、IL-17F rs763780、IL-17A rs2275913、IL-17Ars8193036、TGF-BR2rs3773651 和 VDRrs731236。流行病学评价结果显示,一般人群PARP大小排名前三的位点模型分别为IL-17A rs2275913 GG vsAA(23.17%),IL-10rs1800896AAvs GG(12.13%),TGF-BR2 rs3773651 GG vsAA(8.63%)。2.实验基因分型结果显示:Cox-2rs20417位点,IL-17Ars2275913位点,TGF-BR2 rs3773651位点,IL-17F rs763780位点和IL-17Ars8193036位点的共显性模型与胃癌发生有统计学关联。Cox-2rs20417位点风险等位基因为G,以CC基因型为参照,CG基因型使胃癌患病风险增加(OR=1.55,95%CI:1.10-2.19,P=0.012)。TGF-BR2 rs3773651位点风险等位基因为A,以AA基因型为参照,AG基因型使胃癌患病风险降低(OR=0.69,95%CI:0.51-0.93,P=0.015)。IL-17A rs2275913 位点风险等位基因为A,以GG基因型为参照,AA基因型使胃癌患病风险增加(OR=1.43,95%CI:1.05-1.93,P=0.022)。IL-17F rs763780位点风险等位基因为C,以TT基因型为参照,TC基因型使胃癌患病风险增加(OR=1.42,95%CI:1.09-1.85,P=0.010)。IL-17A rs8193036 位点风险等位基因为T,以CC基因型为参照,CT基因型使胃癌患病风险增加(OR=1.29,95%CI:1.03-1.63,P=0.027)。3.IL-17A rs2275913位点和IL-23R rs1884444位点的最佳拟合遗传模型是隐性,Cox-2 rs20417 位点、TGF-BR2 rs3773651 位点、IL-17A rs8193036 位点和 IL-17F rs763780位点的最佳拟合遗传模型是显性。经性别、年龄、胃癌家族史、吸烟、饮酒因素调整之后,随着位点突变数目的增加,胃癌的患病可能性增加(Ptrend=3.75×10-5)。4.结合炎性基因多态性位点最佳拟合遗传模型和传统环境危险因素构建的胃癌个体化风险预测模型的评价效果最好(AUC=0.724,校准度:0.986,BS=0.021,NRI=16.2%,Sen=77.06%,Spe=62.56%,AR=67.95%,PPV=67.6%,NPV=72.9%,+LR=2.06,-LR=0.37)。5.建立的胃癌发生风险评估评分规则的得分范围为[0,25],该规则预测胃癌发生风险的AUC为0.713(95%CI:0.682-0.743),P<0.0001,区分度中等。总得分的最佳临界值为10分,其预测胃癌发生的评价指标分别为:Spe=77.29%、Spe=61.40%、AR=68.30%、+LR=2.00、-LR=0.37、PPV=67.00%、NPV=72.70%。11-25 分高风险人群中胃癌患者占比为67.0%,显著高于0-10分低风险人群中胃癌患者占比27.3%,P<0.0001,区分度良好。验证集内部验证结果与训练集一致。结论1.Meta 分析结果表明 Cox-2rs20417、IL-10rs1800896、IL-17F rs763780、IL-17A rs2275913、IL-17A rs8193036、TGF-BR2 rs3773651 和 VDR rs731236 位点与胃癌发生可能存在真实关联。2.基因分型实验验证Cox-2rs20417、IL-17F rs763780、IL-17A rs2275913、IL-17A rs8193036、TGF-BR2 rs3773651和IL-23R rs1884444为胃癌的相关炎性基因多态性位点。3.炎性相关基因多态性位点纳入到传统环境危险因素胃癌发生风险预测模型后所构建的综合胃癌发生风险预测模型,优化了传统环境危险因素模型的预测效能和校准度。4.以综合胃癌发生风险预测模型为基础建立的风险评估评分规则区分度良好,内部验证结果一致。该评分规则对胃癌高危人群的早期筛查以及个体化胃癌发病风险检测和控制具有重要意义。