农民专业合作社作为主要的服务型农业新型经营主体,是带动农户增收,提高规模效益,促进农业产业化经营的重要推动力。现阶段随着我国合作社数量迅速扩张,各种弊端日益凸显,合作社产权制度设计不合理、“内部人控制”现象泛滥、监督机制不健全、成员异质性问题严重等治理缺陷不容忽视,由此导致的合作社与农户利益联结松散、农户利益被侵蚀、“利益共享、风险共担”的经济共同体难以形成等问题亟待解决。本文以新经济制度理论、合作经济理论等相关理论为指导,结合陕西省九个县86个合作社的实际调研情况,首先分析了合作社存在的内部治理问题,并总结出实践中多样化的利益联结方式,将其分为直接经济利益联结:合作联结、产权联结、返利联结和销售联结;间接经济利益联结:服务联结和合同联结。然后根据不同利益联结方式,利用综合定性评价法将合作社与农户的利益联结程度分类为松散型、半紧密型和紧密型。最后运用Probit模型实证分析得出影响合作社与农户利益联结紧密程度的六个显著影响因素,再进一步通过ISM模型对六个影响因素进行层级分解,深入剖析其相互作用关系,更加直观地反映其对利益联结紧密程度的影响路径。研究主要得出以下结论:(1)社员代表大会召开次数和财务信息公开次数越多、程序越透明,内部监督机制越完善,管理越民主规范,合作社与农户的利益联结更紧密。(2)理事会成员持股比例利过高,导致股权向少数核心成员倾斜意味着普通社员在管理、决策方面的话语权有限,利益分配不公,积极性低。(3)社员能否自由退出合作社对利益联结紧密程度有负向影响,高度自由带来的后果是利益联结松散。(4)能人大户、政府人员、企业管理人员等作为理事长更容易获得社员信任,形成利益共同体,因为他们通常拥有资金、市场、人力资源优势和丰富的管理经验。(5)经济利益是联结两个主体最直接的纽带,盈余分配方式越完善、越规范,合作社与农户的利益联结紧密程度越高。(6)六个显著影响因素间存在着相互作用的层级关系:财务信息公开次数和能否自由退出合作社是表层直接因素,其他因素通过它们才能作用于利益联结紧密程度;社员代表大会召开次数和盈余分配方式位于第二级,是中间层的间接因素,它们会影响表层直接因素;理事会成员持股比例和理事长社会身份位于第三级,是深层根源因素,作用于上层因素。最后,基于研究结论和现实问题,本文给出如下相关建议对策:第一,明晰产权边界,建立以社员为主体的产权制度。第二,建立健全监督机制。第三,建立多元化利益联结方式,规范盈余分配机制。第四,提高经营效益,拓展服务领域,提升服务质量。第五,重视理事长能力培育,引进优秀人才。