随着我国对科研经费的投入不断加大，各高校在科研经费的管理使用中出现的问题越来越多，近年来在我国高校不断发生弄虚作假骗取科研经费等违法犯罪案件，涉案金额趋扩大之势、犯案人员的层次也越趋上升，已经引起了社会的广泛关注。本文采用理论研究与案例研究相结合的研究方法，从研究的支撑理论角度，找到高校科研经费内部控制研究的必要性与可行性，在内部控制基本理论的基础上，分析了国内高校科研经费内部控制现状和存在问题，设计高校科研经费内部控制优化方案，并且以实际案例为依托，对所设计的方案进行案例应用检验，以期规范高校科研经费的管理，防范违法犯罪案件发生，提升高校科研经费的使用效率，促进高校科研事业全面发展。国内高校的科研管理一般是由科研处和财务处两个部门负责，科研处负责科研项目管理，财务处负责科研经费管理，彼此间缺乏统一性，科研处只负责项目申报、批准和取得成果，不关心科研经费使用情况和使用效率；财务处只负责提供科研经费，不过问项目成果，除了少量提取管理费之外，很少对研经费进行严格的成本核算和跟踪监管，也不注重实际上取得了多少经济效益；而项目负责人往往对科研经费的管理政策认识不足，认为科研经费应该归课题组所有，于是很多问题由此产生。针对这种情况，建议在高校中成立科研项目管理委员会，该机构不需要是一个实体部门，主要职能就是对科研项目进展进行全方位监控，既督促科研项目的进展情况，也监督管理科研经费的使用情况。因为该部门属于非实体部门，人员也都在财务处、科研处临时抽调，所以是切实可行的。高校在科研项目管理委员会统一指挥、调配下开展科研活动，能有效解决科研处、财务处与课题项目组三者之间缺乏沟通、管理脱节问题。为了更好地实现对科研经费的科学有效管理，在科研项目管理委员会主导下，利用校园网络建立一个科研项目管理信息平台，各课题组与各相关管理部门在这个平台上及时对科研项目进展情况、科研经费使用情况进行沟通。本文以A高校成立科研项目管理委员会为例进行案例分析，A高校的科研管理部门、财务管理部门、审计部门、纪检监察部门、资产管理部门在科研项目管理委员会的统一领导下相互协作、各司其职，通过校内科研项目管理信息平台实现对科研经费全方位控制，有效防范了内控风险，高效、合规的利用了科研经费，使A高校的科研项目的整体管理水平得到了显著提升。