【摘 要】
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Phomopsis capsici（同Diaporthe capsici）是一种世界范围内研究较少的植物病原菌,主要引起茄科植物病害。四川农业大学林木病理实验室朱天辉团队成功从四川广元感染枝枯病的核桃枝条中分离鉴定出P.capsici,证明其可以引起林木病害核桃枝枯病。在我国,核桃枝枯病的发生和传播造成了巨大的经济损失,尤其核桃产业作为我国农村经济发展建设的重要支柱和农村特色产业扶贫的重点工程,核
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Phomopsis capsici（同Diaporthe capsici）是一种世界范围内研究较少的植物病原菌,主要引起茄科植物病害。四川农业大学林木病理实验室朱天辉团队成功从四川广元感染枝枯病的核桃枝条中分离鉴定出P.capsici,证明其可以引起林木病害核桃枝枯病。在我国,核桃枝枯病的发生和传播造成了巨大的经济损失,尤其核桃产业作为我国农村经济发展建设的重要支柱和农村特色产业扶贫的重点工程,核桃上的病害更应该引起重视。本研究利用北京诺禾致源公司的第三代全基因组测序分析平台Pacbio RSII对P.capsici进行全基因组测序,组装后对其进行基因注释,得到包括真菌毒力因子数据库在内等基本注释信息,再通过比较P.capsici与其他常见枝枯病原之间的共线性关系、单核苷酸多态性、Core-Pan基因、基因家族、物种进化等,对P.capsici进行了全面的研究。主要研究成果如下:1、通过全基因组测序和组装,得到该菌基因组大小为57558510bp,20个Contigs,N50 Contig长度为5171887bp,GC含量51.26%。预测到14425个编码基因,总长度为23205508bp,编码区总长度占全基因组长度的40.32%;2117个散在重复序列;23212个串联重复序列;151个t RNA,37个r RNA,2个s RNA、16个sn RNA。使用GO、KEGG、KOG、NR、TCDB、Pfam、Swiss Prot、CAZy、CYP450、PHI、DFVF数据库,分别有9318、11022、2094、13113、495、9318、3649、843、368、1618、555个基因得到注释。另外,预测到1488个分泌蛋白和105个次级代谢产物基因簇。全基因组数据已提交至Gen Bank,其登录号为WNXA00000000,原始数据登录号为SRR10692909。2、通过比较基因组学分析发现,P.capsici与Diaporthe.helianthi、Juglanconis oblonga存在较好的共线性关系,与Neofusicoccum parvum UCRNP2、Botryosphaeria dothidea共线性较低。将D.helianthi、J.oblonga、N.parvum UCRNP2、B.dothidea的序列与参考序列P.capsici进行比对,分别发现1863、3710、4969、5196个SNP,其中1765、3528、4767、4973个SNP发生在蛋白质编码区;共有基因（Core gene）个数分别为8091、4702、2373、2426;泛基因集（Pan gene）分别为18791、18576、21629、21641。五种真菌共有基因个数为496,分别有40个和117个在DFVF和PHI数据库中得到注释。基因家族聚类结果显示,P.capsici基因组中共有7954个基因家族,7465个同源基因,其中单拷贝同源基因2679个,多拷贝同源基因4786个。通过SNP和基因家族分析结果分别构建系统发育树,结果表明P.capsici和D.helianthi亲缘关系最近,其次为J.oblonga,且J.oblonga的进化距离最长,与B.dothidea、N.parvum UCRNP2的亲缘关系较远,结果符合预期。
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