董仲舒推《春秋》言天人相与之际所形成的天人感应思想，是两汉经学的主流思想，并随两汉学术的发展而不断深化和完善。至汉魏之际，思想发生剧烈变革，经学衰落下去，玄学和佛学作为一种新思想成为魏晋学术的代表，以与两汉经学相区别。玄学和佛学，尤其是玄学从经学的困境中发展出来，这点毋庸置疑，然关于玄学与天人感应思想的关系，则不能简单地认为天人感应思想随经学的衰落而衰弱消亡了。天人感应思想与经学的关系是依附关系，即“假经设谊”，经学的衰落自然导致天人感应思想依附于经学的部分遭到了玄学的批判，确实随玄学的产生而衰落下去；然天人感应思想有其内在的理论基础，其与玄学交叉之处不多，在魏晋时期的史料中仍然可以看到大臣和人君时常会因灾祥之事而上灾异疏或下罪己诏的现象，这与两汉时期的天人感应思想具有一致性，这似乎可以说明在魏晋时期的思想变革中天人感应思想仍然占据一定的地位。佛学与天人感应思想交叉之处也不多，只是在佛教的报应思想上与天几感应思想有一些相关的地方。天人感应思想是中国传统的善恶感应观念的一种特殊形式，当时在中国传播的佛教报应思想与中国本土的善恶感应观念，两者没有根本的分别，一般人常常把二者混淆为一事，甚至当时的僧人也难以辨别两者的区别所在，至慧远在《三报论》中讲三报之事才把佛教的报应思想与本土的善恶感应观念分别开来。佛教的报应思想与天人感应思想在承受时间和承受主体上部有相同和差异的地方，两者为补充和发展的关系，虽报应思想在个体的善恶感应观念上似乎与天人感应思想有冲突之处，然因报应思想不讲天人相与之际，其与天人感应思想无根本的冲突。