我国传统学术的主体是儒学,由于儒学的意识形态化,传统学术将真理与政治、知识与实用混为一体。随着晚清社会的近代化演进和鸦片战争以来巨大的民族危机,传统学术的局限性日益突出。在晚清复兴的经世思潮的激荡下,非儒学派的复兴和西方近代学术的进入,改变了经学独尊的传统学术格局,传统学术由“旧学”向“新学”转变。新学是一种“新实学”,以“中体西用”的体用二元结构配置中西学术知识,这决定了新学是一种过渡性的学术形态。在甲午战败后形成的“尚学”思潮中,新学成为旧教育制度改革和新教育制度建设的思想资源和学术资源。北洋大学堂、南洋公学、京师大学堂等近代大学的创建是新学制度化的结果。这些初创的近代大学在学科设置、教学方法、教学组织等方面都与太学和书院有了巨大的区别,标志着现代大学制度的肇始。由于受制于新学与生俱来的内在缺陷,初创时期的近代大学带有浓厚的封建性。在学术现代化趋势不可逆转的形势下,随着学术转型的深入和现代学术逐渐成“型”,近代大学制度必然会逐渐完善。学术分科和科学方法是现代学术的重要特征。我国传统学术是不分科的“通人之学”。鸦片战争后城乡社会的分化和多种新兴行业的产生,使我国社会生发出了知识多样化与专业化的内在需求。在西方现代学科体制和专门化教学的影响和示范下,晚清新式学堂分科设学,将传统学术中所缺乏的自然科学各学科和一些社会科学学科移植进来。在分科设学的实践中,尤其是现代学科体系确立后,传统学术被迅速地边缘化。在“藉西学发明古学”的思路及努力中,传统学术实现了意义、内涵和结构的现代转化。史学是传统学术的重镇,现代史学学科体系的初创,说明传统知识谱系在现代学科制度下得到重新建构。义理阐发和训诂考据是儒家治学的两大范式。随着以自然科学为基础的现代知识体系的确立,学人的思维方式和治学方法必须随之进行一场根本的变革。晚清新式学堂粗浅的科技教育使普通士子对现代科学方法有了最初的体悟。经由严复、康有为等晚清启蒙学者对经学范式的激烈批评和对西方科学方法的大力译介,以及民国时期在欧美接受过西方科学方法训练的归国留学生的大力宣传和身体力行,演绎推理、归纳综合、实验研究等现代学术方法逐渐为我国学术界所认同和采用,在自然科学教育中确立了实验教学的范式。与西方类似,从实验方法提升出来的实证思维也引起了我国社会科学治学范式的一场革命。胡适融合中西的实验主义方法推翻了经学思维,确立了中国现代学术研究的典范。与现代社会生产生活相适应的现代知识体系和现代学术规制的形成,以及现代职业学者的产生,为现代大学制度的体系化奠定了坚实的学术基础和社会基础。在20世纪20年代前后,以蔡元培为代表的现代大学校长群体适应现代学术制度化的要求,改革晚清以来建立的近代大学,建立了体系化的现代大学制度。从形式上看,学术自由、教授治校、院系建制、研究所的建立、教师资格检定等是照搬西方大学制度的结果。但实质上,这些现代学术制度是根植于我国现代学术的发展要求的,并在一定程度内是扬弃传统教育制度的结果。“求真求是”、学术自由的理念是在学术性质由“主德”向“主智”转变的过程中产生的。现代职业学人对自由学术的追求和对“学术社会”的向往赋予了大学浓郁的学术性,使大学成为追求真理的场所。学术与政治的分离,使建立在伦理政治型儒学基础上的政教合一制度走向终结,教授治校制度随之建立。“废门建系”既是适应现代学术学科化发展趋势的产物,同时也是在继承传统通才教育理念的基础上,整合教学资源,宽口径培养人才的努力。研究所的建立是对我国学术研究传统的继承和超越,是在学术引进阶段渐趋结束的背景下,为实现学术独立发展的目标,建立学术自主创新机制的结果。在现代学术职业化的过程中,教师的身份由官师一体的“传道者”变为“以学术为生”的“教育工”。文凭和著述(研究)成为进入现代大学教师行列的“通行证”。在与现代知识传播、生产和研究要求相适应的现代大学制度的影响下,我国学术转型的步伐加快,现代学术走上了自主创新、独立发展之路。