食管胃结合部腺癌全外显子测序数据的生物信息学分析及Involucrin对肿瘤细胞生物学功能的影响

来源 :山西医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dukewyh
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目的:检测食管胃结合部腺癌(adenocarcinoma of the esophagogastric junction,AEG)患者基因突变情况,分析内披蛋白(Involucrin,IVL)突变对肿瘤细胞生物学功能的影响。方法:1.山西地区AEG患者全外显子组测序和ivl突变分析收集山西省肿瘤医院普通外科手术切除的22例山西地区AEG患者的癌组织和癌旁组织,运用二代测序技术进行全外显子组测序,分析ivl的突变种类并筛选ivl突变位点;整理汇总TCGA数据库中食管癌ivl的突变情况,进行GO功能注释和KEGG富集分析。2.过表达KYSE150细胞中的IVL对细胞功能的影响构建人IVL过表达质粒,转染食管癌细胞KYSE150,使用q RT-PCR和Western Blot检测过表达效率,MTT法检测细胞增殖能力,划痕愈合实验测定细胞迁移能力的变化。3.突变寡肽与转谷氨酰胺酶1(TGase1)的结合能力体外合成5种不同氨基酸突变位点的IVL寡肽,通过体外活性测试分析寡肽与TGase1的结合能力。结果:对22例山西AEG患者的癌和癌旁组织进行全外显子测序,发现突变率位于前十位的基因分别是tp53、ttn、muc16、nalcn、ivl、lama5、neb、obscn、pclo、robo1。测序发现山西地区食管胃结合部腺癌中ivl突变率高达18%;在4例AEG肿瘤样本中发生了5处ivl突变,皆为错义突变;。GO分析显示ivl突变与上皮细胞分化、细胞分化调控的活性等生物学过程有关;KEGG信号通路分析显示ivl突变与c AMP信号通路等途径有关。过表达IVL可抑制食管癌细胞的增殖和迁移能力,突变型IVL寡肽与TGase1的结合能力弱于野生型寡肽。结论:IVL重复基序第七位氨基酸谷氨酰胺的突变减弱IVL与TGase1的结合,影响多种与肿瘤相关的生物学过程和信号通路。
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