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拉氏鱥(Rhynchocyprislagowskii)隶属鲤形目(Cypriniformes)、鲤科(Cyprinidae)、鱥属(Rhynchocypris);柯氏三代虫(Gyrodactylus konovalovf)隶属于单殖吸虫纲(Monogenea)、三代虫目(Gyrodactylidea)、三代虫科(Gyrodactylidae)、三代虫属(Gyrodactylus),两种生物间存在特殊的种间关系即寄生。在秦岭南北流域分布广泛的拉氏鱥,作为一类营养丰富的淡水经济鱼,具有良好的经济发展前景。而柯氏三代虫作为一种潜在的病原体,其相关的研究鲜有报道。结合秦岭山脉独特的地理优势,本研究以分子手段对拉氏鱥及其寄生柯氏三代虫群体进行遗传多样性的评估与谱系地理格局的探讨,拟为拉氏鱥物种的生物学保护及三代虫物种的防治提供基础的理论研究依据。本研究选取秦岭流域青岔(QC)、石砭峪口(SBYK)、鸡窝子(JWZ)、广货街(GHJ)、营盘(YP)、镇安(ZA)、旬阳坝(XYB)及火地塘(HDT)8个地理群,以DNA片段作为分子依据,采用PCR扩增及Sanger法测定并获得了拉氏鱥及柯氏三代虫各55个个体的基因序列。采用相关的分析软件针对联合数据集主要进行了序列碱基组成分析、群体遗传多样性及遗传分化分析、单倍型数据的系统发育及网络结构分析以及推测种群的历史动态分析等,其主要结果如下:1.拉氏鱥物种Cytb+D-loop联合数据集的1063个位点,存在93个变异位点,生成18个单倍型序列,单倍型多样性指数为0.933,核苷酸多样性指数为0.0243。柯氏三代虫物种CO I +ND5基因联合数据集的1551个位点,存在178个变异位点,生成31个单倍型序列,其单倍型多样性指数为0.960,核苷酸多样性指数为0.0226。在拉氏鱥群体与柯氏三代虫群体中均存在秦岭南北流域共享的单倍型。2.种群的遗传多样性指数以及群体间的遗传分化现象,在拉氏鱥物种与柯氏三代虫物种中并未表现出完全的一致性。在拉氏鱥群体中,分布于人工水库下游的SBYK种群与其余7个种群间呈现出明显的分化,其未校正的遗传P-距离数值显著大于其余种群间的数值,群体间配对的分化指数Fst值较高。在柯氏三代虫群体中,HDT种群、XYB种群与其余6个种群间呈现出较为明显的分化。JWZ种群、GHJ种群及YP种群三者间的遗传距离指数及分化指数在拉氏鱥物种与柯氏三代虫物种中均表现为较低水平。拉氏鱥群体与柯氏三代虫群体的平均遗传分化Fst值均达到了理论意义上的高水平分化(>0.25),存在与之相吻合的低水平的基因流(Nm<1)。3.单倍型数据系统发育的构建及网络结构的分析,基本呈现一致的结果。拉氏鱥物种的单倍型进化分枝及拓扑结构比较混乱,并未呈现出与地理分布的相关性。柯氏三代虫物种的单倍型进化分枝与拓扑结构可以初步划分为三部分,分别为代表秦岭南坡的Clade1、秦岭北坡的Clade2以及南北坡交汇的Clade3,仍需要扩大样地寻找更多的证据支持。4.对秦岭流域拉氏鱥及其寄生柯氏三代虫群体的遗传结构及种群历史动态的分析,根据GST值与NST值的统计,均适合谱系地理结构的探究,柯氏三代虫物种比拉氏鱥物种呈现更明显的谱系格局。通过错配分布、Tajima’D检验值与Fu’sFs值以及SSD与R2参数值的相关统计分析,并没有足够的证据支持本研究涉及拉氏鱥及其寄生柯氏三代虫的8个地理群曾经历种群扩张的推论,但推测柯氏三代虫群体的Clade2可能经历过扩张,仍需进一步的论证。5.结合本研究的初步分析结果,推测秦岭山脉并未对分布在其两侧的群体造成严重的地理阻隔作用。同时基于拉氏鱥与柯氏三代虫的生活习性及扩散能力等因素的考虑,推测柯氏三代虫的数据可能更有利于揭示其宿主拉氏鱥的地理分布及进化历程。