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本论文共包括三个部分： 1．综述近年来中国鲸豚类的保护遗传学研究进展。 2．通过分析345bp的江豚（Neophocaena phocaenoides）线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）控制区（control region或d-loop）序列，分析了北太平洋中国和日本水域江豚的遗传多样性，种群遗传结构以及其系统地理格局。总体上中日水域江豚种群的遗传多样性水平（π=0.44％，h=0.79±0.01）相当低，但不同种群的遗传多样性水平有较大的差异。分子变异分析（AMOVA）提示不同种群之间有很高水平的种群遗传结构(φST=0.61，p＜0.001；FST=0.52，p＜0.001)。18个单元型中有11个仅仅出现在一个种群中，其余则为2个以上的种群所共享，但没有发现一个单元型是所有种群所共享的，提示在全新世最后一次冰期江豚发生了多次的种群扩散事件。然而，并没有发现北太平洋中日水域的江豚种群具有明显的系统地理格局。系统重建发生和中接网络（median-joining network）分析均未能把来自不同地理种群或者不同水域的单元型区分为独立的进化枝。较低的遗传多样性水平和较高的种群遗传结构表明在江豚的种群历史中存在随机遗传漂变、瓶颈效应以及创立者效应，并在一定程度上减少或者限制了基因流的发生。此外，还讨论了江豚，特别是长江江豚的保护管理对策。 3．通过420bp的mtDNA控制区序列，对中国水域的江豚种群1990年以前和1990年以后的遗传多样性变化进行分析。结果发现两两种群之间的种群分化程度有显著增加的趋势(1990年前：φST=0.01，p＜0.18，FST=0.02，p＜0.001；1990年后：φST=0.35，p＜0.001；FST=0.20，p＜0.001)。与此相对应地是，除了南海种群的遗传多样性出现了一定程度地降低外，其它种群的遗传多样性并没有这样的变化趋势。