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番木瓜(Carica papaya L.)，又称木瓜，在热带和亚热带地区广泛种植，是重要的经济作物。而由于番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus，PRSV)肆虐，严重降低了其产量和品质，对番木瓜种植几乎造成毁灭性打击。高抗病的转复制酶基因(replicase gene，rep)番木瓜--“华农一号”的问世和商业化生产，彻底解决了这一生产限制因素。但随着多年的商业化种植，我们发现田间种植的部分(4-5‰左右)转基因番木瓜组培后代植株出现了花叶症状，有必要对病因进行研究和探讨，同时对nptⅡ蛋白表达是否影响植物体内微生物群落进行了分析，为得到更加安全、有效的番木瓜抗病资源提供基础。 田间采集32株抗性丧失转基因番木瓜植株，首先对发病植株rep全基因序列进行克隆和测序分析，并与最初克隆进去的rep序列进行比较，接下来运用RT-PCR和real-time Q-PCR对其后代rep基因的表达进行了定性和定量分析。结果表明32株抗性丧失植株中，10株rep基因有丢失现象，剩余22株rep基因序列完整，且未发生变异，rep基因能够正常表达。 针对rep基因正常表达的22株病株，应用RT-PCR扩增番木瓜PRSV-CP基因，并进行克隆测序分析，初步得到4个PRSV不同的分离物。对分离物分别进行限制性内切酶HinfⅠ、HaeⅡ和Sau3AⅠ的RT-PCR-RFLP分析，初步判断侵染番木瓜组培苗的四个分离物A、B、C可能为除Ys和Sm外的Vb或其他株系，而分离物D可能为除Ys、Vb、Sm外的其它株系。用发病的转基因番木瓜病叶接种鉴别寄主西葫芦后，叶片均出现不同程度的花叶症状。接下来对4个病毒分离物的rep基因和HC-Pro基因进行了克隆和序列分析，其中4个分离物的rep基因与转基因番木瓜中转入的rep基因核酸序列存在10％-11％的差异，4个分离物的HC-Pro基因序列间也存在一定差异，从而认为可能是由于不同病毒分离物而导致植株发病。 通过对nptⅡ蛋白表达呈阴性和nptⅡ蛋白正常表达的转基因番木瓜植株根、茎、叶部位的体内细菌进行T-RFLP检测。结果发现，nptⅡ蛋白表达呈阴性的转基因植株与nptⅡ蛋白正常表达的植株内生细菌多样性无显著差异，但nptⅡ蛋白表达不同的植株同一组织间优势种群存在差异，同一植株根、茎、叶间优势种群也有所不同。