【摘 要】
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目的:组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶(histone lysine specific demethylase 1,LSD1)能够特异性催化基因启动子区组蛋白H3K4单甲基或二甲基的去甲基化,由此抑制基因转录。本课题组前期研究发现,组蛋白去乙酰化酶5(HDAC5)与LSD1在人乳腺癌细胞中协同作用促进乳腺癌细胞的恶性增殖、迁移与侵袭。本研究拟鉴定乳腺癌细胞中HDAC5-LSD1调控轴共同调控的下游靶基
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目的:组蛋白赖氨酸特异性去甲基化酶(histone lysine specific demethylase 1,LSD1)能够特异性催化基因启动子区组蛋白H3K4单甲基或二甲基的去甲基化,由此抑制基因转录。本课题组前期研究发现,组蛋白去乙酰化酶5(HDAC5)与LSD1在人乳腺癌细胞中协同作用促进乳腺癌细胞的恶性增殖、迁移与侵袭。本研究拟鉴定乳腺癌细胞中HDAC5-LSD1调控轴共同调控的下游靶基因,为后续研究奠定基础。方法:(1)用HDAC抑制剂处理MDA-MB-231、MDA-MB-468细胞,通过q PCR和western blot分析HDAC抑制剂对LSD1和USP28 m RNA水平及蛋白水平的影响;(2)分别使用HDAC5、LSD1基因敲除的MCF-7细胞系,通过RNA-Seq分析HDAC5和LSD1共同调控的下游信号通路;(3)通过原核表达、几丁质柱亲和纯化获得Tn5、p A-Tn5转座酶;(4)PCR扩增建立ATAC-Seq测序文库。结果:(1)除Sulforaphane外的多种HDAC抑制剂均可上调乳腺癌细胞系MDA-MB-231中HDAC5的m RNA水平,对LSD1和USP28的m RNA水平无显著影响;(2)HDAC抑制剂可上调乳腺癌细胞系中HDAC5、LSD1蛋白表达水平,对USP28蛋白水平无显著影响;(3)敲除了HDAC5和LSD1的MCF7细胞系在多个基因上有表达差异;(4)成功制备Tn5、p A-Tn5转座酶并建立ATAC-Seq文库;结论:(1)多种组蛋白去乙酰化酶抑制剂能够上调MDA-MB-231细胞中HDAC5表达;(2)HDAC5和LSD1协同调控乳腺癌MCF-7细胞中多种信号通路和基因的表达;(3)成功制备了用于ATAC-Seq和CUT&Tag的转座酶Tn5和p A-Tn5,为后续进行ATAC-Seq和CUT&Tag实验奠定了基础。
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