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国内外学者通过候选基因法发现了许多与山羊产羔性能相关的基因,但都还不能确定这些基因是否是影响山羊多胎性能的主效基因。山羊产羔性能受多个基因的相互作用,故需对整个基因组进行研究,系统筛选出与山羊产羔性能相关的基因、明确各个候选基因相互作用关系。本实验将实验羊只分为三组,A组为经产空怀的内蒙古绒山羊；B组为经产空怀的大足黑山羊；C组为1月龄大足黑山羊,每组各3只,A组和B组年龄相近。羊只屠宰后立即取其卵巢组织,分别取A组、B组、C组卵巢组织,各自提取RNA,构建cDNA文库,然后混合测序并拼接组装,进行生物信息学分析。之后,分别对A、B、C组的cDNA进行数字基因表达谱测序,比较基因表达谱差异情况,筛选出与繁殖相关的差异表达基因。挑选差异显著的部分基因进行实时荧光定量PCR验证,并通过PCR-SSCP分析差异基因在大群体中的多态性,确定通过表达谱测序筛选的差异基因是否是影响山羊产羔数的主效基因。本实验共得到如下结果：1、山羊卵巢组织转录组测序及生物信息学分析测序共产生了38,771,668条reads,拼接过滤后,得到了64,824条All-Unigenes,其中29,444条Unigene注释到Gene Ontology数据库、36,910条Unigene注释到SWISS-Prot数据库、27,766条Unigene注释到KEGG pathway数据库、11,271条Unigene注释到COG数据库。GO显著性功能富集分析发现有1759条与繁殖相关的Unigene。2、不同时期不同繁殖力山羊卵巢组织基因表达谱分析(1)A组与B组之间有1133条差异表达基因,其中B组相对于A组有632条Unigene表达上调,501条Unigene表达下调。(2)B组与C组之间有709条差异表达基因,其中B组相对于C组有349条Unigene表达上调,360条Unigene表达下调。(3)A组、B组、C组全面比较,发现三组之间均有差异表达的Unigene有397条。(4)将A、B、C组之间均差异表达的397条Unigene与转录组分析发现的1759条繁殖相关Unigene比较,发现这397条Unigene全部都能在1759条Unigene里面找到,说明这397条Unigene即是与繁殖相关差异表达基因。3、实时荧光定量PCR比较A、B、C三组的荧光定量PCR检测结果与转录组测序结果及数字基因表达谱测序结果发现,三者计算出的Unigene(?)基因表达量变化趋势大体相同。说明测序结果准确性高。4、PCR-SSCP多态性分析对Unigene13218、Unigene7507和Unigene286进行PCR-SSCP分析,发现Unigene13218和Unigene7507的PCR扩增片段均没有多态性；Unigene286的PCR扩增片段有多态性,但其多态性与产羔数的最小二乘分析差异不显著(p>0.05),说明Unigene286的PCR扩增片段中的碱基突变是随机性的,Unigene286可能不是影响山羊产羔性能的主效基因。