自实施“创新驱动发展”战略以来,我国不断增加对企业和高校等科研机构的R&D直接补贴与税收优惠,同时在执法强度和立法强度方面提升知识产权保护强度。但在很多省份,创新政策的实施模式仍然比较单一,各省份对如何实施合理的政策组合并没有明确的答案。同时政策的实施效果是否达到要求也存在争议。许多省份盲目扩大政府R&D补贴和加强知识产权执法力度,导致创新政策的实施效果远离预期,部分企业甚至出现严重的“骗补”现象。部分省份对知识产权保护的加强也没有达取得很好的效果,知识产权制度建设仍然落后。因此,结合当前的创新政策实施现状,系统分析我国政府R&D补贴与知识产权保护强度对区域创新产出的影响机制,并深入探讨R&D补贴与知识产权保护强度之间的相互关系以更好地为各地实施合理的政策组合模式提供政策建议,在当前我国转变经济发展方式,实施创新驱动战略的背景下,有一定的理论和现实意义。基于此,本文提出了如下问题:第一,在什么区间内R&D直接补贴和税收优惠在促进区域创新产出方面能够达到最好的效果?第二,在什么区间内知识产权保护强度能够更好地提升区域创新产出?第三,R&D直接补贴、税收优惠和知识产权保护强度存在什么样的相互关系?长期内,应当实行什么样的政策组合以实现最好的政策效果?第四,R&D直接补贴、税收优惠和知识产权保护强度的政策组合对区域创新产出会有什么样的影响,三者在区域创新产出的提升过程中各扮演了什么样的角色?基于以上问题本文做了如下工作并得出相应结论:(1)以内生增长理论、区域创新系统理论和演化博弈理论为基础,构建出阐释政府R&D补贴、知识产权保护和区域创新产出之间影响机制的概念分析框架,然后针对各研究对象之间的影响机制分别进行理论分析,在经过理论模型推演之后提出研究假设。(2)以我国2007-2017年30个省份的平衡面板数据为基础,采用动态门槛回归模型分析政府R&D补贴对区域创新产出的影响。结果发现政府R&D直接补贴与税收优惠对区域创新产出均存在显著的“双重门槛效应”。在初期增加直接补贴和税收优惠均可以提高R&D直接补贴对区域创新产出的影响,但过高的R&D直接补贴会降低其对区域创新产出的促进效应,而如果增加税收优惠,其对区域创新产出的效果会进一步增强。(3)参考前人的研究成果构建我国知识产权保护强度的评价体系,并采用因子分析法对我国30个省份2007-2017年的知识产权保护强度进行评价,在此基础上本文构建动态门限回归模型分析我国知识产权保护强度对区域创新产出的影响。研究结果表明知识产权保护对区域创新产出存在“双重门槛效应”。在一定范围内,知识产权保护水平的提高对区域创新产出会产生促进作用,但如果过度追求高强度的知识产权保护水平,其对区域创新产出的提升作用将会减弱。(4)本文构建联立方程模型并使用三阶段最小二乘法对政府R&D补贴和知识产权保护强度的关系进行实证检验;分析得出在长期均衡条件下,R&D直接补贴、税收优惠和知识产权保护强度之间存在着“替代效应”,结合三者对区域创新产出的影响的理论和实证分析,应当实行“中等程度直接补贴、高税收优惠和中等知识产权保护强度”的政策组合;同时对各省份应当采取的R&D补贴和知识产权保护强度以及政策组合模式进行分析,并给出建议。(5)以区域R&D投入为中介变量,在深入分析政府R&D补贴、知识产权保护强度和区域创新产出关系的基础上,采用有调节的中介模型分析政府R&D补贴对区域创新产出影响过程中区域R&D投入的中介效应和知识产权保护强度的调节效应;研究发现R&D直接补贴和税收优惠对区域创新产出的影响存在区域R&D投入的中介效应和知识产权保护强度的正向调节作用。区域R&D人员投入的中介效应相比较经费投入更加明显。论文的主要创新点为:首先,本文构建了包含创新政策组合的概念分析框架,以消费者与生产者理论、区域创新系统理论、产业政策理论、内生增长理论和演化博弈理论为基础提出了包含政府R&D补贴、知识产权保护和区域创新产出的概念分析框架。其次,以演化博弈模型为基础,通过对政府R&D补贴与知识产权保护强度关系的分析,发现在均衡条件下政府补贴与知识产权保护强度之间存在“替代效应”;第三,参考前人的评价方法,采用新指标测算了我国各省份知识产权保护强度,并在实证分析中通过稳健性检验验证了该指标的有效性;第四,采用有调节中介效应模型分析得出区域R&D投入在政府R&D补贴对区域创新产出影响中产生了显著的中介效应,知识产权保护强度在这一中介过程中起到了正向的调节作用。