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体细胞克隆在医学、农业、畜牧业中已有广泛的应用,但体细胞克隆胚胎发育率较低,尤其是哺乳动物的克隆效率更低。克隆牛在妊娠期间会发生妊娠异常、尿囊积液增多、腹围异常增大。胎盘是母体与胎儿之间进行物质交换的器官,其营养物质转运、激素合成及代谢能力会直接影响胎儿的生长和发育。研究发现几乎所有克隆哺乳动物都会发生胎盘异常,这可能是抑制克隆胚胎生长发育的主要原因之一。mi RNA是以序列特异性方式调节基因表达的内源性单链非编码RNA,通过与靶mRNA的3’UTR结合切割mRNA或者是抑制其翻译,在转录后起调控靶基因表达的作用,是基因表达的重要调控因子。miRNA测序是目前寻找重要关联基因,建立调控网络,阐明作用机理的重要方法。本研究通过Illumina高通量测序平台,比较体细胞克隆牛和正常牛胎盘之间mi RNA和mRNA的表达差异,筛选并验证有显著差异的miRNA和mRNA,利用生物信息分析法对差异表达的miRNA以及mRNA进行GO功能显著性富集分析、KEGG Pathway显著性富集分析,寻找调控妊娠维持相关的mi RNAs和重要基因,并建立体细胞克隆牛妊娠过程中妊娠维持相关基因的调控网络,研究其调控机理。本研究采集了2头180d妊娠异常体细胞克隆牛胎盘组织作为实验组,3头180d自然受精牛胎盘组织作为对照组。经Illumina高通量测序对采集的牛胎盘miRNA进行深度测序分析,筛选出990个成熟的mi RNAs,显著差异表达的miRNA有10个,其中7个显著上调,3个显著下调。荧光定量PCR对显著差异表达的10个miRNA进行验证,定量结果与测序结果一致。软件分析10个显著差异mi RNA的靶基因,发现1241个靶基因,这些靶基因显著富集的GO生物学过程有9项,细胞组分6项,分子功能5项,显著富集的KEGG通路有7条。通过转录组测序筛选出显著差异表达的mRNA362个,其中实验组中154个上调,208个下调,与差异表达miRNA靶向的mRNA有15个是一致的,bta-miR-205靶基因SLC14A2与尿运输相关、bta-miR-2411-3p靶基因BMP7与输尿管发育异常相关,bta-mi R-1298靶基因SLC16A4与离子跨膜运输相关,都与体细胞克隆牛尿囊积液增多、腹围异常增大相关。以上结果通过mi RNA及mRNA测序找到与妊娠维持相关的基因及通路,为改善体细胞克隆牛妊娠晚期异常提供了新的解决思路,为揭示妊娠异常的分子机制奠定了基础。