禾本科,也称作牧草家族,是一个开花的单子叶植物种类。家族成员包括主要的粮食作物、为食草动物提供食物的牧草以及具有陆生生物环境多样性的植被。因此,禾本科是研究物种多样性、广泛分布性和特定的生存适应性的一个较好的家族。在本研究中,我们分析了七个牧草叶片转录组的从头组装。我们所研究的七个牧草包括沙生冰草、冰草、杂合冰草(由冰草和沙生冰草杂交获得)、无芒雀麦、披碱草、毛穗赖草、赖草。本研究通过Illumina公司的HiseqTM2000测序平台,完成了对七个禾本科牧草的测序工作。最终七个牧草共产出43亿个clean reads,这些reads被组装成1,940,729个unigene(平均长度249bp;平均N50长度621bp),其中包含491,671个编码蛋白序列。进一步的分析显示,七个物种中共有37,490个基因家族和153,868个SSR(简单序列重复)标记。基于这些物种的直系同源基因构建了系统进化树。在这七个牧草物种中,通过进一步的比较分析我们发现了 7,708个含有已知抗性基因的特定的蛋白结构域。总之,七个牧草转录组的研究不仅有助于揭示禾本科牧草植物的进化关系,而且对我们认识牧草生物学提供了有用的基因资源。