与中东等地“纯正的”伊斯兰教相比,东南亚海岛地区的伊斯兰教,在很多方面是有所不同的。伊斯兰教在这里呈现的主要历史特征有：本地化、民族性、发展的不均衡以及世俗性。伊斯兰与政治势力的结合也相对较为松散。对独立后的广大发展中国家而言,民族国家如何整合无疑是政治发展中普遍面临的一个重要而艰难的课题。研究当今东南亚海岛地区的民族国家,我们不难发现这些国家里面的多数,民族国家史都非常短暂,国家的整合程度也是显得比较脆弱和有限,因此,如何构建和提升其整合水平,对这些国家而言无疑也是个极为现实而紧迫的问题。虽然伊斯兰教在本地社会发展中一直是个极为重要的因素,它不论是在这些民族国家成立之初,还是在独立以来,在民族国家整合中都拥有着极为广泛的影响力,然而,除了是一种宗教信仰,伊斯兰教更是一种社会制度和生活方式,因此,伊斯兰教对东南亚南部海岛地区民族国家整合的影响不仅是多方面的,而且也是复杂的。伊斯兰教在东南亚影响力的复杂,一个突出的表现就是在各国、甚至在一国内不同的地区、不同的领域都有所不同,故在国家整合方面,伊斯兰因素就发挥着既有积极的方面,也有消极的层面。在积极方面,在全球现代化浪潮的推动下,以马来西亚和印尼等为代表的东南亚海岛地区伊斯兰国家独立后强调伊斯兰教在国家整合中的地位和作用,在日常生活的诸多领域不断融入伊斯兰教的价值观、发展伊斯兰文化。通过对《古兰经》和圣训等经典的重新阐释,给本民族塑造适应时代需要的民族精神,以不断加强民族国家的整合。不仅如此,伊斯兰教在其他方面的促进也是显著的。如在政治上,通过利用伊斯兰教,不断增强政权的合法性和政策的合理性,加强对社会的控制,而伊斯兰非政府组织对市民社会的培育以及伊斯兰政党对政治民主的推进也都无法令人忽视,在经济上,通过成立伊斯兰银行等措施,注意体现社会的“公平”与“正义”,教育上,伊斯兰教育不仅起着世俗教育的补充,而且也有稳定社会、扬善除恶的功能。在消极方面,东南亚海岛地区的民族国家在国家整合中还存在诸多问题,其中不少就与伊斯兰教存有较密切的关联。这突出表现在三个方面：一是穆斯林地区的分离主义问题,这尤以菲南的摩洛地区、泰南的四府地区以及印尼的亚齐地区等最为典型。在这些穆斯林集中的地区,伊斯兰教经常被认为是造成社会分裂和产生不稳定的重要催化剂。同时在印尼的巴布亚和马鲁古群岛等地区,伊斯兰教还经常成为引发族群矛盾的导火线。二是伊斯兰极端(恐怖)主义的发展,这在当代伊斯兰复兴运动之后,尤其是东南亚金融危机之后,发展更令人注目。三是伊斯兰教国的争论。这个问题虽然在一些国家独立后,如马来和印尼等国,一直存在,但似乎在新世纪以来,这个争论有激烈的趋势。因此,在民族国家整合的问题上,伊斯兰教在很多时候呈现的是一种变量。构建和提升民族国家的整合,这无疑是个综合性的问题,并不是单纯的政治、经济、社会、历史或文化等某一方面的问题。只不过在不同的历史时期和在不同的国家,侧重点也可能会有所差异。但在东南亚海岛地区,作为伊斯兰世界的重要地区,伊斯兰教对这里的民族国家的整合和提升始终是个常态的相关因素。因此,如何构建伊斯兰教与民族国家的和谐关系对这些民族国家而言,无疑不仅重要,当然也是个巨大的挑战。笔者以为,要使两者达到一种“和谐”的状态,就必须处理好或消除相关的“不和谐”因素,有针对性的制定政策,这主要包括：要努力消除殖民遗留下的民族之间的历史伤痕、制定正确的民族平等政策,尊重穆斯林的传统文化,尽快缩小地区之间的社会发展水平的差距、要注意处理与中东伊斯兰世界的关系、地区之间要加强沟通和合作等。只有如此,伊斯兰教对民族国家的整合才可能不断走向良性循环。