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银杏雌雄异株,并在长期的演化中形成了不同的种质变异。我国是银杏的故乡,具有丰富的银杏种质资源。银杏种质资源是银杏研究与开发利用的重要物质支撑。银杏雄株不仅在生态建设、观赏美化中具有重要作用,而且在核用授粉树配置、叶用及花用栽培中具有特殊的重要位置,其种质资源的类型直接关系到银杏雄株资源性状的表达,研究其遗传结构及其多样性对银杏雄株种质资源的开发利用具有重要理论与实践意义。本研究连续两年分别于萌芽后30 d采集我国银杏主要产区扬州市区、徐州地区及扬州大学银杏种质资源圃的91株银杏雄株的枝梢先端幼嫩叶片各100张,利用ISSR分子标记技术分析其遗传多样性,取得的研究结果主要有:1、采用改良CTAB法提取的银杏基因组DNA条带清晰、完整、明亮,迁移率与λDNA相当,DNA浓度最小为652 ng/μl,A260/A280最小为1.75,最大为1.94,DNA纯度符合本研究ISSR-PCR扩增要求。2、经对影响银杏雄株ISSR-PCR扩增效果的Taq酶、Mg2+、dNTP和引物用量等4个因素分别设计4个处理水平,并应用正交试验设计[L16(44)]筛选和优化,得到适于银杏ISSR-PCR分析的优化体系为:模板DNA 50 ng、10×buffer 2μl、Taq酶1.0 U、Mg2+ 2.5 mmol·L-1、dNTP 0.20 mmol·L-1和引物0.4μmol·L-1。3、经用100个ISSR引物分别对91株银杏雄株进行扩增,筛选得到12个扩增条带较多、信号强、背景清晰的引物,其序列分别为(AC)8CG,(CA)8AG,(AC)8SG,(AC)8GA,(AC)8GG,(GA)8A,(GA)8C,(CA)8GT,(GACA)4,(AC)8CA,(CT)8G,(AC)8 YG。4、筛选的12个引物对供试91株银杏雄株共扩增出94条DNA条带,其中多态性DNA条带56条,多态位点百分数(P)为59.57 %,每个引物扩增条带5-11条,片段大小为200-2000 bp。5、供试91株银杏雄株的平均有效等位基因数(Ne)为1.7149,平均基因多样度为(H)0.3966,平均Shannon’s信息指数(I)为0.5771,具丰富的遗传多样性。6、供试91株银杏雄株的个体间的Nei’s距离在0.0443-0.9667之间,利用最长距离法进行系统聚类分析,取阈值为0.9434时,银杏雄株可分为Ⅰ、Ⅱ两类,其个体数分别为37和54;取阈值为0.6842时,银杏雄株可分为1、2、3、4、5五类,综合两种阈值的分类结果,其1、2类可为隶属于Ⅰ类的亚类,分别包括6个和31个雄株;其3、4、5类可为隶属于Ⅱ类的亚类,分别包括48个、2个和4个雄株。7、扬州市区、徐州地区及扬州大学银杏种质资源圃三个银杏雄株群体总的遗传变异值(Ht)为0.3876,各群体内遗传变异值(Hs)为0.3470,不同群体间遗传分化系数(Gst)为0.1048,表明供试银杏雄株的总遗传变异中有10.48%的变异存在于群体间,而群体内的遗传变异为89.52%,明显高于银杏雄株群体间的遗传变异。8、扬州市区、徐州地区、扬州大学银杏种质资源圃三个银杏雄株群体的平均有效等位基因数(Ne)分别为1.7199、1.5916、1.5520,平均基因多样度(H)分别为0.3964、0.3380、0.3066,平均Shannon’s信息指数(I)分别为0.5760、0.4964、0.4473,其Ne、H、I的大小顺序完全一致,银杏雄株遗传多样性水平均为扬州市区>徐州地区>扬州大学银杏种质资源圃。9、扬州市区、徐州地区、扬州大学银杏种质资源圃三个银杏雄株群体的基因流(Nm)为4.2710,且群体间的遗传一致度也较高,说明群体间存在广泛的基因交流。本研究结果对银杏雄株种质资源的分类、评价与利用具有重要意义。