Hsacirc0020397在鼻咽癌组织中差异表达及意义

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[目的]本研究通过高通量测序技术来获得鼻咽癌组织和鼻咽炎症组织circRNA差异表达谱。通过对差异表达的circRNA进行GO富集和KEGG富集分析,进一步了解差异表达circRNA的功能分类及相关通路。筛选出差异表达的hsacirc0020397并行实时荧光定量PCR方法(qPCR)验证,判断其作为鼻咽癌诊断新靶标的价值。[方法]1、选取鼻咽癌患者组织样本作为研究对象,收集确诊为鼻咽癌和慢性鼻咽炎症的组织样本,提取其中的RNA,检测总RNA纯度,通过高通量测序检测鼻咽癌组织与鼻咽炎症组织表达量差异,获得鼻咽癌组织同鼻咽慢性炎症组织circRNA的差异表达谱,对测序结果用生物信息学方法进行分析,运用GO和KEGG富集分析方法,对初步筛查得出的差异表达的circRNA及其靶基因进行分析,分析差异circRNA的功能分类及相关通路。2、采用qPCR试验对差异表达谱进行验证,检测30例鼻咽癌组织和20例慢性鼻咽炎症组织中hsacirc0020397的相对表达量,比较两组间的差异表达量。利用Graphpad Prism5软件对数据进行统计分析并作图。[结果]1、circRNA高通量测序检测结果:通过初步筛选分析,共有796个circRNAs在鼻咽癌组织与慢性鼻咽炎症组织的表达差异具有统计学意义(P值<0.05,且log2(foldchange的绝对值)≥1),其中包括232个表达上调的circRNAs和564个表达下调的circRNAs。2、circRNA的靶基因的基因本体论(GO)分析结果:通过对差异表达circRNA的靶基因进行GO富集分析得出:富集程度最高的生物学过程(BP)是细胞组装(cell projection assembly),富集程度最高的细胞成分(CC)是中心体(centrosome),富集程度最高的分子功能(MF)是GTP酶结合功能(GTPase binding)。3、circRNA的靶基因KEGG富集通路分析结果:我们将差异表达circRNA的靶基因进行KEGG富集分析得到15条相关信号通路,其中比较关键的通路分别是人T细胞白血病病毒1感染和MAPK信号通路。4、实时荧光定量PCR实验对有显著表达差异的circRNA的验证结果:实验选取1个变化明显(差异倍数较大)的上调hsacirc0020397(hsacircDOCK1024),在鼻咽癌组织标本和鼻咽癌慢性炎症组织标本中验证其表达,结果证实hsacirc0020397表达上调趋势与测序结果一致。[结论]1、获得了鼻咽癌组织与慢性鼻咽炎症组织的circRNAs差异表达谱。2、Hsacirc0020397经qPCR证实在鼻咽癌组织中高表达,有望成为鼻咽癌诊断的新靶标。
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