杨昌济的学术思想起源于湖湘文化，有着传统理学的深刻烙印，发展至中期又吸收了近代以来西学思想的部分精髓，最后在其对于现实理性思考的基础上呈现出以教育、伦理和哲学为主体的、具体而微的学术思想内容。透过杨昌济的学术思想发展，可以窥视中国近代学术思想转型的轨迹。杨昌济的学术思想经历了几个不同的阶段：幼年时受到家庭教育的影响埋头于传统宋明理学的刻苦钻研，以王夫之、曾国藩等人为师追寻先贤的思想，奠定传统儒学思想理论之基；少年时经历甲午战争之殇后有所感悟，始弃程朱之说转而问道于资产阶级改良派的主张，寄希望于通过变法来改变当时中国衰败的现状；青年时留学国外数十载积极吸收西方教育、伦理、哲学等各种资产阶级进步思想，开始认真思索救国之道，初步形成中西观点融合的一家之言；中年时教书育人不忘理论研究，发出“欲栽大木柱长天”的感叹，学术思想走向总体成熟。杨昌济的学术思想代表了中国近代资产阶级改良派的观点，具有鲜明的爱国主义色彩，但同时又不可避免地存在着一定的现实局限性。他提倡“教育救国论”，将教育视为国家振兴的根本途径，并强调通过教育这种相对温和而缓慢的方式实现救国的终极目标；他系统地引进了西方资产阶级的伦理学，激烈的批判中国传统的“三纲”伦理，认为传统中的许多伦理桎梏了民主、自由的根本愿望，竖起了现代伦理学道德进步的大旗，他秉持唯心主义的哲学观点，对唯物主义并不赞同。