【摘 要】
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该文通过对现有的生物序列比对算法进行研究分析,提出了一种基于前缀计算的序列比对并行算法.这种算法采用数据划分技术,利用高性能计算系统,例如并行计算机或分布工作站网络
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该文通过对现有的生物序列比对算法进行研究分析,提出了一种基于前缀计算的序列比对并行算法.这种算法采用数据划分技术,利用高性能计算系统,例如并行计算机或分布工作站网络,有效的解决了超长序列比较引起的空间和时间问题.在此基础上,对几种经典的串行算法进行了改进,包括线性空位罚分和仿射空位罚分模型、全局比对和局部比对算法等.该文提出的并行算法在O(mn/p)时间内找到最优比对,其中p是处理器数.传统的最优的串行算法使用O(m+n)空间,O(mn)时间.该文提出的并行存储有效的算法保持时间最优,使用O(m+n/p)空间.最后还对算法实现过程进行了介绍.
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