人原发性神经外胚层瘤SK-PN-DW及结肠癌细胞系NCI-H716中双微体分子结构研究

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目的:根据前期研究结果得到人神经外胚层瘤细胞系SK-PN-DW及结肠癌细胞系NCI-H716中双微体上扩增子的来源,探讨这些来源不同的扩增子的重组方式和机制,最终构建双微体理论分子结构。  方法:首先应用荧光原位杂交(Fluorescence in suite hybridization,FISH)技术对前期通过Genome-Wide Human Mapping SNP6.0芯片获得的人原发性神经外胚层瘤SK-PN-DW细胞及人结肠癌NCI-H716细胞扩增区域扩增方式进行确认。然后,采用半定量PCR技术精确每个扩增子的大小和边界,进而应用染色体步移的方法得到扩增子间的连接序列。最后,对断裂点连接方式和接头序列进行生物信息学分析,构建双微体理论序列图谱,揭示双微体产生的分子机制。  结果:通过半定量PCR的方法将每个断裂点范围均缩小到500bp左右,并将SK-PN-DW细胞中来源于8q24的三个扩增子大小进一步确定,分别为:553 kb,962 kb和310 kb。NCI-H716细胞系双微体上分别来源于8q24和10q26的四个不连续的扩增子,扩增子大小分别确定为:465 kb,492 kb,3371kb和378 kb。应用染色体步移的方法确定断裂点的精确位置及扩增子间连接序列。SK-PN-DW细胞系的六个接头序列和NCI-H716细胞系的八个接头序列包含平末端连接、插入碱基连接和微同源介导的非同源末端连接。在双微体产生过程中非同源末端连接介导断裂末端的连接。通过生物信息学分析分别构建了SK-PN-DW和NCI-H716中双微体的理论结构。  结论:分别构建了人神经外胚层瘤SK-PN-DW和人结肠癌NCI-H716中双微体的分子结构。通过分析得到在SK-PN-DW和NCI-H716细胞系中介导双微体产生的分子机制是非同源末端连接。
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