基于芯片方法的非综合征性唇腭裂与IRF6、TGFA的SNPs相关性分析

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非综合征性唇裂伴或不伴腭裂(nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)是一种比较常见的先天颜面部缺陷,亚洲和美洲发病率最高,目前多认为NSCL/P的发病与多基因遗传、环境及两者的相互作用相关。干扰素调节因子6(interferon regulatory factor 6,IRF6)和转化生长因子α(transforming growth factor-α,TGFA)是遗传因素中比较热点的基因。由于这两个基因与NSCL/P的关系不甚明了,故本研究旨在在非综合征性唇腭裂核心家庭中探讨IRF6、TGFA部分SNP位点与NSCL/P的关联性,试图确认这两个基因是否是本人群该疾病的易感基因,为日后筛选高危人群提供理论依据,同时评估基因芯片作为SNP方法的可行性。材料和方法:研究对象为来自江苏省人民医院和东南大学中大医院83位经整形外科医师确诊的非综合征性唇腭裂患者,年龄分布:5个月至30岁,均为华东地区散发型病例。部分患者的父亲和(或)母亲参与了此研究。本研究对这批患者及其父母DNA的IRF6、TGFA部分单核苷酸多态性(SNP)位点进行PCR特异性扩增,采用东南大学生物电子学国家重点实验室的基因芯片技术对所有PCR扩增产物进行SNP位点多态性检测,确定各成员各位点基因型。对各位点随机抽取部分样本的PCR产物直接测序。对芯片所得数据进行Hardy-Weinberg平衡检验,比较患者组和父母组的各位点基因型和等位基因分布,并拟予以单体型相对风险(HRR)分析和传递不平衡(TDT)检验。结果:由于HRR及TDT都需要采用核心家庭(患者及其父母)的基因型数据,故只有父亲或母亲基因型数据的家庭未纳入统计系统。本研究共有50个NSCL/P核心家庭。各SNP位点所有人群均可扩增。直接测序的PCR产物分型结果与芯片完全相同。患者组和父母组之间各位点基因型和等位基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05),两组的基因型等位基因分布均无明显差异。IRF6的V274I这个位点与NSCL/P相关联(HRR:x~2=4.5816,P<0.05,TDT:x~2=4.787,P<0.05)。该基因另一个位点rs2235375两种检验均阴性。TGFA两个SNP位点(C3827T、T3851C)HRR阳性(均有P<0.05)而TDT阴性(均有P>0.05)。讨论:根据本研究的结果,可以认为中国汉族人群中IRF6的V274I这个位点与NSCL/P易感基因存在连锁不平衡,IRF6可能是NSCL/P的易感基因之一,TGFA与NSCL/P的关系有待进一步研究。同时可以说明基因芯片是检测基因多态性的有效方法。本研究为候选基因IRF6与疾病相关的理论提供了有力证据,证明遗传因素在非综合征性唇腭裂发病中确实起了作用,能解释部分患者的发病机理,将来可筛选高危人群,减少患儿出生,提高优生优育水平。
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