全癌分析鉴定KIF15与肾透明细胞癌Treg细胞浸润及不良预后相关

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:Hzw_56
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目的:癌症是全球第二大死亡原因,并且被认为是人类必须面对的最复杂的疾病。由于传统的手术以及放化疗等方式已经不足以控制某些癌症病情的恶化程度,因此越来越多的新型癌症治疗手段研究得到突飞猛进的发展。其中肿瘤免疫治疗是目前被广泛认为最具前途的策略。同时,发掘肿瘤相关抗原作为可靠的免疫治疗靶点是推动肿瘤免疫治疗效果的重中之重。癌症基因组图谱(TCGA)创新性的利用基因组分析技术,推动了研究者对癌症遗传学的充分了解,也对新的癌症疗法、诊断方法和癌症预防策略的产生起到了积极作用。利用TCGA数据库中的癌症相关数据,可以对目的基因与癌症之间的相关性进行全面深入的探究。越来越多的研究报道,驱动蛋白家族成员15(kinesin family member 15,KIF15)作为细胞内物质运输的分子马达和参与细胞有丝分裂过程的重要成员,其在癌症发生、发展过程中具有重要作用,这让我们看到了KIF15作为优良免疫治疗靶点的希望。因此,本文研究目的是通过生物信息学技术对KIF15与癌症预后和肿瘤免疫微环境之间存在的联系进行系统性的全癌分析,并通过后续组织实验和细胞实验验证KIF15高表达的肾透明细胞癌(Kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)与Treg细胞浸润的关系,以明确KIF15作为KIRC免疫治疗靶点的价值。研究方法:1.利用TCGA数据库分别下载33种癌症类型的转录组数据以及有关33种癌症类型的全部生存数据。运用TIMER2网站和GEPIA2网站对KIF15基因在33种癌症类型中的表达进行分析,评估KIF15基因在33种癌症正常组织和肿瘤组织中的表达情况。2.通过建立K-M分析图以及单因素和多因素Cox比例回归风险模型对KIF15基因表达水平与癌症预后之间的相关性进行分析。结合癌症病理分期数据分析KIF15基因表达与肿瘤等级之间的相关性。3.利用ESTIMATE算法和CIBERSORT工具对KIF15与免疫微环境和肿瘤浸润性免疫细胞之间的相关性进行分析。4.利用GEPIA2网站探索KIF15和CCL1等5种CC趋化因子配体之间存在的相关性。5.利用免疫组织化学实验检测KIF15在KIRC和结肠癌(Colon adenocarcinoma,COAD)组织中的表达情况。6.利用组织循环免疫荧光实验检测KIRC和COAD组织中Treg细胞浸润情况。7.利用Western Blot实验在细胞水平上验证KIF15蛋白在KIRC和COAD中的表达情况。8.构建Transwell模型,应用流式细胞术检测比较KIF15低表达的正常上皮细胞与KIF15高表达的肿瘤细胞对Treg细胞募集能力的差别。结果:1.通过对KIF15基因表达情况分析发现,KIF15在KIRC、COAD等26种癌症类型的肿瘤组织中显著高表达。2.通过结合癌症生存数据和临床病理数据分析发现,KIF15高表达预示着KIRC、KIRP、LIHC、LGG、SARC和MESO的不良预后以及预示着COAD良好预后。单因素及多因素Cox比例回归风险模型结果显示,KIF15可作为KIRC(HR,1.887;95%CI,1.226-2.905;P=0.004)、KIRP(HR,8.318;95%CI,3.275-21.124;P<0.001)、LGG(HR,1.577;95%CI,1.231-2.021;P<0.001)、LIHC(HR,1.903;95%CI,1.341-2.699;P<0.001)和MESO(HR,2.870;95%CI,1.721-4.787;P<0.001)的不良独立预后因素。在KIRC和KIRP中,KIF15表达随着肿瘤等级升高而稳定升高。而在COAD中,KIF15表达随着肿瘤等级升高而稳定降低。3.通过对KIF15与免疫微环境之间的相关性分析发现,在KIRC中,KIF15与基质细胞和免疫细胞纯度为正相关。在COAD中,KIF15与基质细胞和免疫细胞纯度都为负相关。在KIRC中,KIF15与Treg细胞呈显著正相关(R=0.16,P=0.002),而与肥大细胞呈显著负相关(R=-0.15,P=0.032)。在COAD中,KIF15与肥大细胞呈显著正相关(R=0.22,P<0.001),与Treg细胞呈显著负相关(R=-0.17,P=0.005)。4.在KIRC肿瘤组织中,KIF15与CC趋化因子配体CCL1(R=0.12,P<0.001)、CCL5(R=0.39,P<0.001)和CCL22(R=0.25,P<0.001)存在显著正相关。而在COAD肿瘤组织中,KIF15与CC趋化因子配体无显著相关性。5.免疫组织化学实验表明,与癌旁组织相比,KIRC(P=0.045)和COAD(P=0.006)组织中KIF15显著高表达。6.组织循环免疫荧光实验结果表明,与癌旁组织相比,KIRC组织中Treg细胞浸润显著增加(P<0.01),且Treg细胞浸润倍数与KIF15表达倍数显著正相关(R=0.67,P=0.012);而COAD中未见显著变化。7.Western Blot实验结果表明,与正常上皮细胞相比,KIRC和COAD肿瘤细胞中KIF15蛋白高表达。8.Transwell实验结果表明,与正常上皮细胞293T相比,KIF15高表达的KIRC肿瘤细胞786-O募集Treg细胞的数量显著增加(P<0.01),而COAD肿瘤细胞HCT116则没有显著影响。结论:1.KIF15在多种癌症肿瘤组织中高表达;在KIRC中,KIF15高表达预示着患者不良预后;KIF15表达与Treg细胞浸润呈显著正相关;KIF15与募集Treg细胞相关CC趋化因子配体呈显著正相关。2.KIRC组织中KIF15高表达与Treg细胞浸润呈显著正相关,KIF15高表达的KIRC肿瘤细胞募集Treg细胞能力显著强于正常上皮细胞。3.KIF15可作为KIRC潜在的免疫治疗靶点。
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