面对中国目前的三农问题,即农户的小规模经营及其带来的生产率低下和无法与大市场对接问题（农业问题）、农村和城市的二元结构问题（农村问题）、农村和城市居民的收入差距扩大问题（农民问题）,从马克思主义生产力决定生产关系的观点来看,解决问题的根本在于提升农业劳动生产率,而适度规模化经营正是实现农业现代化的路径和方式。在当前及今后很长时间,农村以小农户家庭经营为主、多种经营方式并存的前提下,如何通过地区农业的合作组织化,促进适度规模化经营,实现农村地区经济发展和社会经济结构（生产关系）的调整优化,并通过市场、合作经济组织、政府的共同作用,坚持和完善农村基本经营制度,最终构建新型农村经营体制,是从根本上破解三农问题,实现农业农村现代化需要研究的重要课题。本研究围绕农村合作经济组织,从宏观和微观的视角,主要运用政治经济学、宏观经济学及组织经营管理理论,通过对中国的农村合作经济组织和日本的农业协同组合（Japan Agricultural Co-operatives）、集落营农组织（village-based farming organizations）的历史变迁、内部农地制度、外部市场流通制度、组织形式、组织功能,以及对新型农村经营体制构建、农业农村内生发展的作用等方面的比较分析,对中国当前和未来农村围绕合作经济组织的发展提出政策层面的建议。本研究由八章构成。第一章提出了研究的问题所在,分析了研究的背景意义,对既有相关研究进行了述评,确定了本研究的范围、研究方法和研究构成。第二章在梳理马克思主义经典作家马克思恩格斯、列宁、毛泽东的合作思想基础上,以马克思主义政治经济学理论为分析框架对合作社原理进行分析,并提出中国特色社会主义市场经济中合作社原理的理论框架。本研究认为,当前我国发展农村合作经济组织（包括生产、供销、信用合作等业务）及构建综合合作体系具有以下作用:（1）生产合作:发挥同一般企业经营类似的功能,可以在分工协作层面提高农业生产率。（2）供销、信用合作:可以在质和量两方面上节约商业利润,从而提高社会总资本的平均利润率。（3）在社会的经济结构（生产关系）上的调整功能:稳定的社会结构以及小生产者收入水平的提高,有利于缓解社会化生产及需求不足带来的结构性矛盾,不仅通过维持农产品供给稳定和扩大农民需求直接对经济的发展起作用,同时社会的经济结构的稳定,又会反过来推动经济社会持续健康发展。第三章立足唯物史观,梳理评析中日农村合作经济组织的历史沿革,为理解在生产力发展进程中,两国农村合作经济组织制度的发展、变化,和分析当今的农村合作经济组织奠定基础。历史上两国的农村合作经济组织都是政府主导的产物,但中国的农村合作经济组织主要是作为革命和社会主义运动的一环来发挥作用,而日本农协主要是作为弥补自由主义弊端、保护农民的准行政机构来发挥作用。中国在改革开放以后,人民公社体制解体造成了农村合作经济组织发展的暂时中断。而日本在1990年代以后,农协系统也在内外部环境变化背景下,开始市场化方向改革。目前,农协作为农村服务体系,仍在商业流通和信用保险等方面发挥着重要作用。第四章基于相关政策法律、统计数据和调查研究对中国的农村合作经济组织进行理论和实证分析。其中包括:宏观统计层面的中国的专业合作社发展及现状;基于广东省遂溪市专业合作社的调研,分析专业合作社的设立初衷及现存问题;结合山西省大宁县的调研,分析集体所有制的特征、功能、发挥功能的条件和制度优势,以及通过构建“村社一体”股份合作社,实现新型双层经营体制问题;基于浙江省玉环市九山资金互助社的调研,具体研究专业合作社内部信用合作的制度、信贷管理、贷款结构、相对优势及三位一体综合合作体系构建问题;基于广西壮族自治区靖西市试点改革的调研,分析在集体经济组织基础上构建的具有内置金融功能三位一体综合合作社的组织、功能,解析其在实现农村内生发展中的合理性,并针对其存在问题提出发展建议。第五章研究日本的农村合作经济组织——集落营农组织。在日本学者对集落营农的研究基础上,基于日本官方相关统计数据、报告,从农业结构变化入手,以组织化为视角对集落营农的现状、政策沿革进行述评,分析其具有的性质、合理性、存在问题及集落营农组织的“双层构建方式”,并通过集落营农案例分析其“双层构建方式”的具体组织形式、功能、存在的不足,以及农协在集落营农组织的设立发展中起到的作用。第六章分析中日两国农村合作经济组织面临的农业问题、外部流通制度、农地权利系统,以及发展方向和构建经营体制方面的异同。中日面临的农业问题都可以从“农业调整”问题上去理解,即通过农地和劳动力的结构调整,提高农业劳动生产率。但不同于日本的是,中国还面临着城乡收入差距问题。之所以日本农业现代化过程中未出现收入差距问题,关键在于其通过农协系统实施的农业保护政策。在粮食流通体制改革上,中日都从政府控制走向市场化,总体趋势是利用经济杠杆,推动粮食流通的市场化,减轻政府财力负担,放宽对民间粮食经营的限制。主要不同在于,日本指定的计划粮食收购法人属于农协系统,是民间团体。而中国的国有粮食企业既是商业性经营者,又是政府粮食政策的执行者。在农地权利系统的变化上,中日两国农地制度都是以耕作者主义为出发点,但由于两国零碎分散的农地资源禀赋,发展农业都需要农地权利的适度集中,组织形态的经营体成为现代农业发展必不可少的经营主体,而组织化过程中,农地集体所有制要优于私人所有制。如何在保持农村基础（以农民、农地为核心的地区资源）的前提下,构建囊括大规模农户、农民合作社和农业企业的农村经营体制,是中日两国共同面临的问题。在农村合作经济组织的发展方面,中国的农民合作社和日本的集落营农组织设立初衷均为应对农业结构调整,在业务内容上具有相似性,都具有综合化的发展趋势。在农村经营体制的构建上,中国的村社一体股份合作社、具有内置金融功能的三位一体综合合作社都是对于统分结合双层经营体制新内涵的发现和实践。在日本,通过双层构建方式形成的广义集落营农组织,也在村域层面实现了新型的统分结合双层经营。第七章在综合以上各章研究的基础上,从理论上对中国农村合作经济组织的发展提出政策建议。主要包括:其一,分析农地集体所有制在双层经营体制中的优势,提出要围绕农村合作经济组织创新农村经营体制。其二,讨论农村市场化和组织化的辩证统一关系,分析农村合作经济组织在要素市场化中的重要作用,并提出通过组织创新促进农村实现边际收益递增的内生发展模式。其三,在分析农村合作经济组织的联合组织的作用基础上,提出要围绕农村合作经济组织构建适度规模的联合组织。其四,在比较日本农村六次产业化的基础上,分析并提出要以农村合作经济组织为主体促进农村三产融合发展。第八章为结论和展望,总括以上各章结论,并对以后围绕农村合作经济组织的研究方向进行展望。