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随着转基因农作物检测技术的不断发展,PCR技术已经成为最主要的检测方法之一。但是常规的PCR每次只能扩增一个基因,而单独的多重PCR和常规电泳相结合的技术由于受多重PCR技术自身限制,每次扩增的基因数目也很有限,因此不能满足当前转基因农作物检测的要求。寡核苷酸芯片是一种在基片上点有若干寡核苷酸探针的基因芯片,每个点都含有序列特异的探针以和感兴趣的基因相互补结合。因此,寡核苷酸芯片可以和多重PCR技术相结合用来同时检测多种目标基因。在这篇论文中,我们开发了多重PCR技术和DNA芯片技术相结合的方法,在同一个反应中同时检测多个目标基因,以达到检测转基因农作物的目的。我们设计了两大类芯片,其中一类用来检测样本是否是转基因农作物,另一类用来检测样本来自于哪一种转基因品系。对于第一类芯片,我们使用了20种探针用以检测转基因农作物,按照具体功能可以分为三种:第一种,根据一些普通元件例如启动子、终止子、报告基因等来检测是否为转基因农作物;第二种,根据目标基因例如抗除草剂或是抗虫害基因来做特定基因的检测确认;第三种,根据物种特异性基因来检测该样本来自于哪种作物。为保证方法的有效性,设立不同的阳性对照和阴性对照来鉴定该实验方法,并且通过常规PCR反应和测序来进一步验证。结果表明这种方法可以快速识别样本是否为转基因农作物,并且花费少,效率提高。这种方法可以检测目前95%以上的转基因作物,并且对于大豆的最低检出率是0.5%,玉米是1%。对于第二类芯片,根据唯一的、品系特异的宿主与插入片断间连接区域的基因序列,通过多重PCR和寡核苷酸芯片相结合的技术,以达到检测出样本来自于哪种转基因品系的目的。转基因农作物商品大豆(GTS 40-3-2)和六种转基因玉米(MON810,MON863,Bt176,Bt11,GA21和T25)通过这种方法进行检测。结果表明对于这些转基因大豆和玉米,该方法均可以适用。以上两种芯片被证明是一种新的转基因农作物检测的常规方法。