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为了研究沼肥对成都平原稻麦轮作土壤微生物的影响,本文设计了6个处理,即3种不同用量的单施沼肥处理(T1-T3),沼肥与化肥1：1混施处理(T4),单施化肥(T5),以及不施肥(T6),分别在水稻分蘖期、拔节期和收获期三个生育期采集根际土壤样品,测定水稻根际微生物数量,分离纯化根际土壤细菌、放线菌和真菌,应用BOXAIR-PCR,RAPD,16S rDNA/ITS序列测定等方法研究了根际微生物多样性变化,并对水稻根际土壤养分、水稻产量和千粒重进行了分析,研究结果如下：(1)各施肥处理根际细菌、真菌数量表现为随水稻生长期呈先增高后降低；在分蘖和拔节期施用沼肥处理根际细菌、放线菌数量普遍低于化肥处理；但收获期样品中,T1-T3处理根际细菌数量比T5处理高10%-60%,T1、T2和T4处理根际放线菌数量比T5处理高13%-39%;而施用沼肥和化肥的处理根际真菌数量相近,并无明显差异。(2)从水稻根际共分离得到了细菌154株,其中分蘖期48株、拔节期56株、收获期50株；16S rDNA序列分析结果表明,所有水稻根际细菌隶属于11个菌属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌群,包含阿耶波多杆菌(Bacillus aryabhatti),蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus),地衣芽孢杆菌(Bacillus lichenformis)等8个种,其次为粘着剑菌(Ensifer adhaerens)。总体来看,水稻根际细菌多样性随生育期降低,但芽孢杆菌多样性会增加。(3)从3个时期的水稻根际土壤共分离得到了真菌74株,其中分蘖期20株、拔节期26株、收获期28株；分蘖、拔节和收获期均鉴定出5个属真菌,分蘖、拔节期均以根霉属为主,但收获期以木霉属为主。总体来看水稻根际真菌种群较为稳定。(4)从3个时期的水稻根际土壤共分离得到了87株放线菌,其中分蘖期20株,拔节期35株,收获期32株,均为链霉菌属,共9个种；其中Streptomyces deccanensis广泛分布于水稻各生育期根际土壤；在收获期T1、T2和T4处理根际放线菌多样性高于T5处理,说明适量施用沼肥能提高水稻生育后期根际放线菌的多样性。(5)对水稻根际土壤养分测定的结果表明,同比化肥,施用沼肥能提高土壤有机质4%-37%,但全氮含量基本与化肥处理相近；尽管T2、T4处理水稻产量与T5处理差异不显著,但每公顷可减施15.28%-29.13%尿素,且T2、T4处理提高了水稻的千粒重,经济效益和环境效益明显。