“以药养医”是一个特殊时代背景下一项特殊政策的产物。近年来，由于“看病难、看病贵”逐渐成为新中国人民群众不得不背负的三座大山(在本文特指住房、医疗、教育三大问题)之一，“以药养医”机制所造成的药价虚高、不合理用药以及药品回扣行业不正之风等问题越来越被公众、政府以及学界关注。　　 目前，围绕“以药养医”，已形成一个涉及政府、医疗机构及医生、药品生产经营企业及其从业者、消费者的“特殊利益机制”，是当前中国医疗卫生领域存在的一个重要问题，迫切需要改变。取消“以药养医”、实现“医药分家”，作为新医改之药品供应保障体系建设的一项重要内容，由于被寄托来抑制“药费膨胀”和“不合理用药”，受到政府的重视和社会各界的高度关注，是当前深化医疗卫生体制改革方案中一个最核心，也是一个最复杂的政策制定过程。近年来，围绕取消“以药养医”，政府出台了一些政策，如基本药物制度、药品强制性降价、药品集中招标采购等，试图改变“以药养医”机制。遗憾的是，针对取消“药品加成政策”的改革措施却迟迟未出台。从中也可以看出该问题之复杂，利益之博弈，决策者之犹豫。　　 本文中，笔者力图通过分析“以药养医”机制形成的历史原因、现实动力、所涉及的利益主体以及结构特点等，并尝试在各个利益主体不同层次、不同类别的利益中找到其核心利益，从公共政策所具有的“利益选择、综合和分配功能”出发，主张在保障各个利益主体核心利益的前提下，尝试设计更加合理的公共政策，通过渐进式的改革，规范各利益主体获取利益的方式，协调主体间的利益冲突，改变目前这种“以药养医”的利益机制，引导一种“医药分家”背景下的健康、合理的新利益机制的形成，从而增进公共利益。