基于二代测序技术的SNP多重检测体系构建及其在无创性产前亲子鉴定中的应用研究

来源 :屈轶龄 | 被引量 : 0次 | 上传用户:giaobiao123
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[目的]基于二代测序技术(next-generation sequencing,NGS)构建单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)多重检测体系,并研究其在法医物证鉴定中的实际应用价值,尤其是在无创性产前亲子鉴定(non-invasive prenatal paternity test,NIPPT)中的可行性,为法医个体识别和亲权鉴定提供新的检测思路,拓宽应用前景。[方法](1)整合NCBI公共数据库中的基因数据和已发表文献中的SNP位点信息,从人类全基因组范围内筛选具有较高法医学应用价值的SNP,进行引物设计用以构建基于NGS平台的SNP多重检测体系,并对其进行准确性、一致性、重复性等法医学验证。(2)使用该体系对100例中国汉族无关个体进行群体遗传学调查,统计分析各SNP位点的法医学参数,评价构建体系的系统效能及在司法鉴定实际应用中的价值。(3)应用该体系对15组包含母本、父本和孕妇血浆(含胎儿成分)在内的三联体样本进行测序分析和父权判定,并与基于毛细管电泳(capillary electrophoresis,CE)技术的判定结果进行一致性对比;同时,将15例被控父本与70例无关男性个体联合分析,探讨该体系在NIPPT中的可行性。(4)基于各组样本的孕妇信息以及不同比例的模拟孕妇血浆样本的测序结果分析可能影响该体系检测成功率的因素。[结果](1)本研究基于NGS构建了包含627个SNP位点的多重检测体系,位点覆盖22对常染色体和2条性染色体,所有位点经Sanger测序验证分型均准确,同一个体的外周血、毛发、指甲、唾液拭子等不同检材,均可获得有效数据且分型结果一致,重复性良好。应用该体系对100例中国汉族无关个体以及15组包含孕妇血浆在内的三联体样本进行检测,所有样本均获得高质量测序数据,各位点平均测序覆盖深度均在30×以上。(2)100例中国汉族无关个体的群体遗传学调查显示本研究构建的NGS-SNP多重检测体系中589个A-SNP的累计个体识别概率为1-1.93×10-207,二联体非父排除概率为1-1.34×10-24,三联体非父排除概率为1-3.13×10-52;12个X-SNP的累计女性个体识别概率为0.999985827539,累计男性个体识别概率为0.997674945,累积二联体平均非父排除率为0.783011137340,累积三联体平均非父排除率为0.944829927254;26个Y-SNP的单倍型匹配概率为0.195102041,单倍型多样性为0.793399417,单倍型分辨能力为0.142857143。(3)15组包含母本、父本和孕妇血浆在内的三联体样本经二代测序检测后均可进行父权判定,与基于CE平台的STR分型方法得到的父权判定结果一致。将15组被控父本与70例男性无关个体对比,其中13组可认定父权样本中的父本与无关男性个体的累计父权指数存在明显差异。(4)不同比例的模拟孕妇血浆样本的测序结果表明,该体系检测混合物的能力较强,胎儿游离DNA(cell-freefetal DNA,cffDNA)在孕妇血浆中比例低至4%时仍可获得99%以上的有效SNP位点信息。(5)孕妇血浆内胎儿成分占比在6-13周内随孕周的增加而增加,但与孕龄的关系并不显著。[结论]本研究构建了一个包含627个SNP位点的NGS多重检测体系,经验证,该体系准确性、重复性和一致性良好,检测所得各样本测序数据质量均较高。该体系可用于个人识别和亲权鉴定,并在NIPPT中具有良好的应用前景,可为法医学研究及司法实践工作提供新的检测方法和鉴定思路。
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