利用生物信息学方法构建一组结直肠癌ceRNA网络及探讨影响预后的因素

来源 :苏州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:beyondryo
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的 在世界范围内,结直肠癌是常见肿瘤之一,其发病进展机制目前尚不清楚,本文主要目的在于阐述与结直肠癌发生进展机制相关的长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA),构建一组结直肠癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,并探讨其中影响预后的可能因素。方法 从GEO数据库下载编号为GSE126092的数据集芯片,该芯片包含10例结直肠癌组织样本及10例正常组织样本。使用R软件进行差异基因分析,得到该数据集中差异表达的mRNAs和lncRNAs。然后,使用DAVID数据库对本芯片中的差异表达基因行G0功能注解和KEGG富集通路的分析。随后,通过STRING、Metascape工具和Cytoscape软件构建蛋白质间相互作用网络,并分析其中的关键基因。在预测lncRNA靶向miRNA,miRNA靶向mRNA的基础上,构建一组结直肠癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络。最后,通过GEPIA平台数据库,我们发现了关键lncRNAs和结直肠癌患者总生存期之间的关系。结果 总共筛选出622个差异表达的mRNAs(其中上调218个,下调404个)和56个lncRNAs(其中上调26个,下调30个)。根据G0分析结果,差异表达的mRNAs与质膜、细胞分裂以及蛋白结合有关,KEGG富集通路的研究表明,基因在包括细胞周期途径、孕激素介导的卵母细胞成熟途径、cGMP-PKG信号通路等肿瘤途径中富集。随后,构建蛋白质间互作网络,并对其关键mRNAs进行分析。共获得25个lncRNAs、21个miRNAs和47个mRNAs作为结直肠癌发生进展的可能标志物,并构建了一组结直肠癌 ceRNA 网络。生存分析显示,lncRNAs FOXD3-AS1(HR=0.045;p=0.044)、HAND2-AS1(HR=1.7;p=0.046)和 LINC00702(HR=2;p=0.0048)可能与结直肠癌患者的生存率有密切联系。结论 通过微阵列和生物信息学分析,我们鉴定了一组结直肠癌中差异表达的mRNAs、lncRNAs,并建立了一个 ceRNA 网络,发现 lncRNA FOXD3-AS1、HAND2-AS1 和 LINC00702可能成为肿瘤患者的新的治疗靶点。
其他文献
目的:超氧化物歧化酶(Superoxide Dismutase,SOD)是一种广泛存在于生物体内的金属酶,催化生物体内超氧阴离子自由基(·O2-)发生歧化反应,能清除机体代谢过程中产生的过量·O2-,延缓由于自由基侵害而出现的衰老现象,如延缓皱纹和脂褐素沉淀的出现。SOD应用于化妆品可抵抗自由基对皮肤的侵害,避免皮肤被氧化损伤,起到抗衰老、防晒、消炎等功效。但是,目前化妆品用SOD存在热稳定性差,
学位
急性脑卒中是高发病、高致死、高致残和多并发的神经疾病之一,其中缺血性卒中最为常见。保护血脑屏障的完整性能够有效的减轻脑缺血损伤和溶栓时脑出血。因此,研究减轻急性脑缺血后BBB损伤的机制具有重要意义。NIH临床研究结果表明,吸烟患者的溶栓出血率低于非吸烟患者。我们的前期研究结果显示,慢性尼古丁暴露可显著降低急性脑缺血引起的BBB损伤,然而具体机制尚不清楚。值得注意的是,尼古丁可以在动物水平上调血浆中
学位
近年来,随着淡水资源问题日益紧张,如何高效获取洁净的淡水受到极大的关注。太阳能作为一种可再生能源受到重视,利用太阳能驱动水蒸发是一种很有前景的方法。由于太阳能界面蒸发技术具有较高的光热转化效率,其在海水淡化以及废水理领域表现出极大的应用前景。本课题主要以吸湿性较好的棉织物为基底,在快速充足供水同时,织物的粗糙结构可以减少光的损失,提高吸光率。分别以蜡烛灰、聚多巴胺(PDA)和银纳米片作为吸光材料,
学位
目的:通过荟萃分析评价俯卧位通气对急性呼吸窘迫综合征(ARDS)患者30天死亡率的影响。方法:检索PubMed、Cochrane Controlled Trials Register、Embase、the Web of Science、ARDSnet、CBM、CNKI数据库中关于ARDS患者采用以仰卧位和俯卧位通气为对比的临床随机对照试验,由两名研究人员独立筛选文献,将纳入的文献根据Cochran
学位
目的:脑胶质瘤是最常见的神经上皮细胞肿瘤,由于其发病率高、预后不良,一直是基础和临床研究的热点。近年提出胶质瘤干细胞(Glioma stem cells,GSC)理论已经被大多数学者认可,理论认为胶质瘤干细胞是实体肿瘤中的小部分具备干细胞特性的“种子”,虽然胶质瘤干细胞仅占极少数,且与构成肿瘤主体的相对分化的肿瘤细胞不同,但因其干细胞特性,包括无限生长、不对称细胞分裂以及肿瘤多向分化潜能,是驱动肿
学位
目的:比较学习曲线内腹腔镜完全腹膜外疝修补术(TEP)中采用疝囊横断与剥离两种不同处理方式治疗阴囊疝的临床效果。方法回顾分析2017年12月至2018年12月苏州大学附属第二医院收治阴囊疝患者中符合TEP学习曲线内手术的108例患者的临床资料。根据疝囊处理方式的不同,分为疝囊横断组(n=57)与疝囊剥离组(n=51),对患者进行统计学分析比较两组患者的手术时间、术后24小时疼痛VAS评分、住院天数
学位
目的了解某石化企业噪声暴露现状,明确噪声岗位及危害程度,并对企业接噪员工的听力损失成因进行分析。运用适合非稳态噪声致听力损失的风险评估模型,开展噪声职业健康风险评估;根据风险评估结果,确定噪声治理优先等级、提出噪声控制建议和对策。方法1.石化企业噪声危害现场调查对该企业炼油一部、炼油二部、炼油三部、炼油四部、化工一部、化工二部、热电部、公用工程部、油品储运部、质检中心存在噪声危害的部门开展职业卫生
学位
光电化学(PEC)分解水制氢是解决目前能源短缺和环境污染问题的有效途径之一。PEC分解水的核心是半导体光电极。硅(Si),由于含量丰富、成本较低、较窄的带隙(1.12 eV)、合适的能带结构以及优异的电荷传输特性,目前已经成为极具潜力的PEC光电极材料。但是,由于Si表面易被电解质腐蚀和分解水反应动力学缓慢,制备可在碱性电解质中工作的高性能PEC Si光电极仍然充满挑战。本论文首先介绍了目前Si光
学位
研究背景目前鲜有研究关注我国中老年人群及职业人群一段时间内血压的变化情况即血压轨迹的发展,尚无关于甘油三脂-血糖指数(Triglyceride and Glucose index,TyG指数)与血压轨迹的关联性研究。研究目的探讨在我国中老年人群及职业人群中,运用基于亚组的轨迹划分(Group-based on the Method of Trajectory,GBTM)方法区分血压轨迹,识别高风险
学位
报纸