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第四纪冰期与间冰期气候的旋回对现有的物种分布和种群遗传结构产生了深远的影响。为了进一步了解第四纪冰期和青藏高原的隆起引起的气候变化对中国东部物种的遗传分化和种群遗传格局的影响以及物种的响应。本研究采用主要分布在中国东部水系的长江华溪蟹(Sinopotamonyangtsekiense Bott,1967)为代表物种来探讨第四纪青藏高原的隆升及其冰期间冰期气候变化对其地理分布格局的影响。因该物种具有相对广泛的分布范围,以及较弱的扩散能力使其成为一种很好的指示生物。使用FIASCO法筛选了20个长江华溪蟹的微卫星位点以用于下一步的种群遗传分析。通过母系遗传的线粒体DNA (mtDNA)标记和双亲遗传的微卫星标记(microsatellite DNA)的联合使用,并结合模拟重建的长江华溪蟹的现生分布区与末次冰盛期分布区的变化,对我国特有的长江华溪蟹的系统地理格局进行研究。在整个长江华溪蟹的分布区范围内,采集获得黄河、淮河和长江3水系的34个地方种群,共计482个个体。选取两个线粒体片段(coxl和nad5,总长度1206 bp)分别对34个种群的243个个体进行了测序；同时,使用8个微卫星位点对482个体进行基因分型。合并双标记与分布地重建的分子系统地理学分析,主要得出如下结论：(1)现生长江华溪蟹的种群分化成2个支系(A和B支系),其中A支系主要包括位于分布区北部边缘的陕县种群(YR),以及淮河源种群(HHR); B支系主要包括淮河上中下游以及长江流域的种群。基于分子钟估计,长江华溪蟹A、B支系的遗传分歧发生在2.6 Ma,推测长江华溪蟹的两个支系间的遗传歧异可能与因青藏高原快速隆升引起的秦岭东部抬升以及由此引起的南北气候分异有关。(2)末次盛冰期的干冷的气候环境严重影响了长江华溪蟹的生长和繁殖,造成了该物种其种群数量的下降。推测,地处淮河源(HHR)、淮河上游和中游(UHR, MHR)流域以及黄山地区(HMR)的一些低山、丘陵地区仍具有适宜该物种生存的环境,成为该物种就地或就近避难的场所。(3)随着青藏高原和秦岭的隆升,中国南北气候分异现象越来越明显,长江华溪蟹3个亚种的雄性第一腹肢的弯曲度变化,可能与这些淡水蟹类在地理分布上从东部(较湿润)地区到中部(较干),乃至西北(更干)地区所经受的气候环境条件的递进式变化相一致的适应性变化有关。(4)基于线粒体和微卫星DNA的证据对长江华溪蟹桐柏亚种进行了重新界定,认为分布在淮河源头的长江华溪蟹为典型的桐柏亚种,而对于分布在淮河上游的长江华溪蟹(曾被被认为是桐柏亚种)则应该归为指名亚种。(5)本文将长江华溪蟹定义为2个进化显著单元加以保护和管理：单元Ⅰ,西北部的陕县种群(1至6种群)和淮河源地区种群(7至9种群)组成。单元Ⅱ,则包括淮河上游、中下游流域(10至20种群)以及长江流域(21至34种群)的种群。