奶牛热应激相关lncRNA鉴定及lncRNA TCONS00014079功能研究

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热应激影响奶牛生产性能与乳腺健康,给奶牛养殖业带来了巨大的挑战。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)已被证实参与多种生命活动。为探究热应激对奶牛乳腺lnc RNA表达的影响,本研究通过高通量测序手段,获取了热应激奶牛和非热应激奶牛乳腺组织的lnc RNA表达谱,并对筛选出的lnc RNA进行了相关功能验证以探讨lnc RNA在奶牛热应激中发挥的作用。主要研究内容与结果如下:1.热应激对奶牛乳腺lnc RNA表达的影响:本部分通过高通量测序技术对热应激与非热应激奶牛乳腺的lnc RNA表达谱进行了鉴定。共鉴定出1003个lnc RNA,其中34个lnc RNA差异表达。对差异表达的lnc RNA的靶基因进行GO富集和KEGG通路分析,发现主要涉及核苷酸切除修复(Nucleotide excision repair)、NF-κB信号通路(NF-kappa B signaling pathway)、细胞粘附(Cell adhesion)、免疫系统(Immune system)等生物过程。2.lnc RNA的功能验证:随机选取8个差异表达的lnc RNA进行荧光定量PCR验证,其相对表达数据与测序结果一致,证明高通量测序结果具有较高的可靠性。差异表达的lnc RNA TCONS_00014079因其较大的差异倍数及较高的fpkm值,被选作功能验证的候选lnc RNA。靶基因功能预测显示,lnc RNA TCONS_00014079可能参与调控炎症反应,因此本试验通过建立乳腺细胞炎症模型,并利用RNA干扰技术,探讨lnc RNA TCONS_00014079对奶牛乳腺炎症的影响。结果显示lnc RNA TCONS_00014079在乳腺细胞炎症模型中表达显著下调,且利用si RNA对lnc RNA TCONS_00014079进行干扰后发现,原本在炎性乳腺细胞中表达上调的炎性因子TNF-α、IL-6和IL-8的表达显著下降,提示lnc RNA TCONS_00014079可能通过调控以上炎症因子m RNA的表达参与奶牛乳腺炎症反应。综上所述,本试验发现在热应激与非热应激奶牛乳腺中存在差异表达的lnc RNA,且筛选出的lnc RNA TCONS_00014079通过影响TNF-α、IL-6和IL-8的表达参与奶牛乳腺炎症反应。
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