【摘 要】
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节段式重复是单倍体基因组出现两次及以上,长度在1-400kb之间,序列相似度在90%以上的重复的DNA片段。相对于典型的转座子,SDs的拷贝数较低,因此,经常被称为低拷贝重复或LCRs
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节段式重复是单倍体基因组出现两次及以上,长度在1-400kb之间,序列相似度在90%以上的重复的DNA片段。相对于典型的转座子,SDs的拷贝数较低,因此,经常被称为低拷贝重复或LCRs。目前,有两个主要的方法用于SDs检测,全基因组组装的比较(WGAC)和全基因组鸟枪序列检测(WSSD)。本文对WGAC的方法进行了改进,并使用了改进的方法和WSSD对谷子品系Zhanggu基因组的节段式重复进行了研究。通过对Zhanggu基因组中的SDs的位置分析,我们发现SDs在基因组中的分布并不是随机的,不仅染色体内部有区别,染色体的区别也比较大。节段式重复中产生了许多基因的新副本,这些重复基因对物种中新性状的形成以具有重要作用。对SDs区域的基因进行GO分析表明,SDs中的基因与谷子的新陈代谢有关。
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