寄生纤毛虫作为一类重要的水产病害原生动物，可专性或兼性寄生在各种水产经济动物的鳃表、皮肤、肌肉或内腔系统中，对宿主造成直接或间接的危害。随着水产养殖规模的扩大和集约化程度的提高，此类病原虫对淡、海水养殖业造成的危害日渐引起人们的重视。然而，对此类群的一些基础性的研究工作如病原分类鉴定、系统发育关系等依然十分匮乏，严重制约了后续病害防控工作的开展。本论文以我国淡水寄生纤毛虫为主要研究对象，采用形态观察和分子数据相结合的方法，研究了几种病原纤毛虫各自的系统发育关系，主要结果和结论如下：　　 1.从杯体虫属名的厘定、形态结构与生活史、分类依据、虫体与宿主关系等四个方面全面整理了当今国内外有关本类群的研究资料。并对洪泽地区鱼杯体虫的活体、固定染色标本形态及其超微结构进行了较为系统的观察、描述。发现杯体虫体内尤其是口区具有很多细菌和有机颗粒，证明了其营养是来自于外界水环境而并非宿主，从杯体虫食物来源的角度论证了杯体虫是一种体外共生体而非体外寄生体。另外，还观察到虫体尤其是口围唇部的表膜具有非常明显的褶皱，显示了其口区表膜极强的伸缩能力，这也是虫体在受到刺激或形成游泳体时能将整个口围盘缩进体内的原因。　　 2.对鲩肠袋虫运用传统的形态学研究方法及扫描电镜和透射电镜技术对鲩肠袋虫的形态结构尤其是其复杂精细的皮层系统进行了深入的研究，提出皮层是由inpenetrated dimension和superimposed dimension两大系统构成的二维模型并就鲩肠袋虫的致病机制和传染途径进行了探讨。认为水体肠袋虫的传播途径可能有别于寄生于哺乳类的种类，是由鱼体肛门感染进入寄主。　　 3.对多泡肠袋虫从经典形态学和现代分子生物学两方面进行了再描述，在引入淡水鱼类来源肠袋虫(多泡肠袋虫、鲩肠袋虫)18SrDNA序列的基础上构建了毛口亚纲的系统发育树。认为肠袋虫属在系统发育上是并系发生，独立于Australian clade、Entodiniomorphida和绝大多数Vestibuliferians之外；认为肠袋虫属的分类地位有待提升。　　 4.在大鲵肠道发现肠袋虫一新种：大鲵肠袋虫和一新纪录：中华肠袋虫。之所以将大鲵肠袋虫定为一新种，是因为：(1)它的虫体大小不同于其它任何一种两栖类肠袋虫(有尾目或无尾目)；(2)其体形近乎圆形，胞口显著狭长，从前端一直延伸到体横中轴；(3)其胞口的长宽比接近8：1，这与其他任何一种肠袋虫种类都明显不同。基于这些显著的不同，并依据其独特的宿主，将其命名为大鲵肠袋虫。这是首次有关寄生于隐鳃鲵亚目两栖类的肠袋虫的报道，填补了中国大鲵体内寄生原生动物研究方面的空白。　　 5.在黑斑蛙、泽蛙直肠内发现肠袋虫一新种，依据发现地点命名为洪湖肠袋虫。在对洪湖肠袋虫的形态特征进行描述的同时，还测定了该新种及中华肠袋虫的18SrDNA序列，并结合鱼类来源肠袋虫和相近物种的序列信息构建了分子系统发育树。再次证实肠袋虫属在系统发育上为并系发生，并主张提升肠袋虫属的分类阶元。　　 6.对鲤斜管虫的形态，尤其是其皮层银线系统进行了全方位的研究。对鲤斜管虫的18SrDNA进行了全序测定，并引入钩刺斜管虫和叶咽纲其他物种的序列信息构建分子系统发育树，探讨了斜管虫属的系统发生地位并对叶咽纲纤毛虫的系统发育模式进行了初步探索。