猪THRSP基因5'侧翼区的SNPs、启动子效率及其与猪背膘厚之关联性研究

来源 :安徽农业大学 | 被引量 : 6次 | 上传用户:vvf022
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本研究旨在对猪THRSP基因5’调控区TP526序列进行分析研究,以鉴别THRSP基因调控区的功能及其与猪产脂能力之关联性。试验所用的试验猪为胴体脂肪较多的中国地方猪种(定远猪、绩溪黑猪和皖南花猪)和瘦肉型猪(长白猪、大白猪、杜洛克及其杂种),提取猪耳组织基因组,利用PCR技术克隆THRSP基因5’调控区TP526序列,利用测序、结构预测、SNP检测、荧光素酶双报告基因验证以及与猪背膘厚的关联分析等方法进行TP526序列功能研究,结果表明:1. TP526序列长度484bp,与人和鼠相应序列的同源性分别为65.6%和58.9%,存在1个50bp大小的启动子序列;序列在20~24bp、42~51bp和447~450bp之间的平均弯曲指数分别为81.04±5.25、77.37±4.87和69.00±4.59,显示这些区域DNA弯曲可能具有功能上的特异性;该序列存在多处反向重复的现象。2. TP526序列的转录因子结合位点分析表明,该片段存在HSF2、C/EBPb、C/EBPa、SRY、CdxA、GR、AML-1a、CRE-BP、CREB、S8、Nkx-2、GATA-1、MZF1、GATA-2,、MEF-2、TRE和RevREs等潜在调控元件。3.检测TP526序列的SNP发现该片段距离CDS起点上游第98位G→A突变(G98A),第229位的C→T突变(C229T),第376位的A→G突变(A376G),第400位的T→C(T400C)以及外显子1中第9位的T→G突变(T+9G)。使用StyI对PCR产物实施酶切,共发现9种A376G-G98A的联合基因型,但当G98A位点发生G→A时,该处的StyI酶切位点消失,而在A376G处发生A→G时StyI酶切位点也消失;MwoI酶切PCR产物共发现7种C229T-T+9G的联合基因型,但当C229T位点发生C→T时,该处的MwoI酶切位点消失,而在T+9G处发生T→G时使得该处产生新的MwoI酶切点;Fnu4HI酶切PCR产物存在5个酶切点,但当T400C位点发生T→C时,该处的酶切位点消失。4. T400C位点的C基因在脂肪型猪群中频率高达0.6568,而在瘦肉型猪群中为0.3595;A376G位点的A基因在脂肪型和瘦肉型猪群中的频率分别为0.5571和0.4944;C229T位点的C基因在脂肪型猪群中的频率为0.7362,在瘦肉型猪群中的频率高达0.9607;G98A位点的G基因在脂肪型和瘦肉型猪群中的频率分别为0.6142和0.6629。5.利用双荧光素酶报告基因检测不同基因的表达调控效果,结果表明T400C位点以C基因的启动子效果最好,大约是T基因的3.3088倍(P<0.01);比较A376G位点的G和A基因发现,A基因的启动子效果显著地高于G基因(P<0.01);在G98A位点,以A基因的启动子效率最高(P<0.01)。6.分析不同基因型肥育猪背膘厚的最小二乘均数,T400C位点的CC型和CT型猪的背膘厚显著大于TT型(P<0.05),而CC和CT型之间差异不明显。在A376G位点,AA型猪的背膘厚显著高于AG和GG型(P<0.05);但在C229T和G98A位点,不同基因型之间没有显著差异。
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