本研究主要针对进化生物学中的生殖隔离这一核心问题展开,通过RNA-seq对果蝇可育株系和不育株系进行转录组测序,旨在通过转录水平上的差异,揭示影响生殖隔离的原因。我们选取了在基因组水平上只有3Kb来源不同的果蝇株系,包括可育株系(99F)和不育株系(193S)。对得到的转录组数据分别进行处理和注释,通过显著差异分析,在99F和193S之间找到了413个差异表达基因。在这些基因中,涉及到副性腺蛋白(Acp)的表达,核糖体的生成,Hsp家族蛋白的表达等等,这些关键的基因在精子发生过程中起着重要作用。在相关的信号通路中,我们发现Notch信号通路,Ribosome合成通路等均受到基因表达差异的影响。由于可育株系和不育株系的显著生理差异,转录调控水平是否有很大改变,我们进行了相关的分析。我们分别分析了两种株系的microRNA和TF的表达,其中microRNA在99F和193S中表达差异显著的有30个,TF有21个。我们结合mRNA的表达水平,分别研究了nicroRNA和TF与对应靶基因表达变化的关系。结果显示,microRNA尽管表达差异很大,但是它们对应的靶基因的表达变化却不明显；而作为另一种调控因子TF,对应的靶基因的表达变化要显著的多。microRNA的表达差异与靶基因的表达差异没有明显的相关性,这暗示microRNA在调控网络中起到维持基因表达水平稳定的作用,不同于TF调控因子,直接对基因的转录表达产生明显影响。