由于国有控股上市公司国家股东身份的虚位性、高管任免方式的行政性以及多层委托代理关系产生的代理风险，高管薪酬决策主体缺乏独立性。《公司法》上规定的最普遍意义上的高管薪酬决策机制，在国有控股上市公司中异化，无法发挥正常的激励、约束作用。国有控股上市公司多数是由国有企业改制而形成的，在证券市场上占据半壁江山。依据政策优势或自然资源优势，多数国有控股上市公司处于垄断地位，公司利润中包含大量与高管经营管理能力无关的垄断利润。在计算作为高管薪酬的主要依据（公司利润）时，如果不排除存在的大量垄断利润，以公司总利润作为影响高管薪酬决策的主要因素，缺乏公正性。国有控股上市公司高管多数都是国资委或组织部从国家公务员系统中通过简单的行政人员任免方式委派的。但被委派的高管国家行政人员的身份并不因委派而改变，在担任公司高管时，依然保持行政人员的身份。并且高管的行政级别也是影响高管薪酬决策的重要因素。高管的行政级别与公司利润的取得没有必然的关系，故高管行政级别作为影响高管薪酬决策的因素也缺乏公正性。在分析完国有控股上市公司高管薪酬不合理性的主要原因后，为减少其不合理性，本文提出对国有控股上市公司进行垄断性与竞争性划分。对于前者，高管薪酬决策机制应采用公务员制；对于后者高管选任及其薪酬水平都应当市场化，遵守市场规律。另外，也需要建立健全薪酬委员会制度、职工参与高管薪酬决策制度、社会专业组织参与高管薪酬决策制度等有关制度。鉴于国有控股上市公司中大量的垄断利润与高管对公司的经营业绩无关，本文提出在计算国有控股上市公司高管薪酬的重要依据（公司利润）时，应排除公司垄断利润。另外，高管行政人员身份及行政级别与高管业绩也没有直接关系，在决策国有控股上市公司高管薪酬时，高管的行政级别因素也应当排除。