清末民初,政体更迭,旧有的京师范围内的治安管控架构——步军统领衙门在原有的两翼五营(左翼步军营、右翼步军营、巡捕中营、巡捕南营、巡捕北营、巡捕左营、巡捕右营)的基础上,应时代之需要增设了军事执法处、四郊车捐总局、四郊卫生总局、四郊路工总局、将校研究所以及总军械库等附属机关六处。其管辖区域也由内城逐渐转向外城,城门关厢以及圆明园、畅春园等皇家园林区域,继而再转向京师四郊地区。晚清以前,步军统领衙门对京师内外的防范、守卫和管理可谓严丝合缝,矩周规值。到了近代时期,步军统领衙门的管理区域逐渐缩小。职能范围主要集中在侦察情报、监管社会舆论风气、收束游兵散勇、社会慈善、卫生与防疫、征收税款等方面。风雨飘摇之际,步军统领衙门挣扎于新旧制度不断更迭的泥潭,在权力过渡时期的对抗与妥协中,数度呈请“改革署制”以寻求自我的完善和救赎。同时,各部大臣关于裁改步军统领衙门的呼声日渐高涨。庚子国难,八国联军兵临城下,慈禧太后携光绪帝西狩避难,市井无赖乘此机会扰乱社会秩序,京师大乱,步军统领衙门的日常治安管理已无措手,几同虚设。后经清政府与联军达成和议,皇室回銮,京师各处复交归步军统领、顺天府、五城察院等分辖。但此时步军统领衙门无力对京师治安进行有效管理的事实已昭然若揭。故而,裁改之议愈加风靡云蒸,如日方升。步军统领衙门裁改之议的提出,既有政府财政匮乏,越来越难以支撑庞大的国家机器,不得已而对部分职能部门进行裁撤的时代原因,也有步军统领衙门职能范围过广,从而与诸多部门有所重叠,其自身在发展、演变过程中衍生出内部腐败、积重难返的历史局限性等原因。无论是在清末还是在民初,步军统领衙门与其他机构职能之重叠、政府与步军统领衙门经费之匮乏、步军统领衙门之不堪造就,这三个原因,始终相伴相生,终步军统领衙门裁撤之议始末,不曾分离。清末民初二十余年,步军统领衙门内部不断地进行改革,不遗余力地履行治安、断案、扈从等方面的职能,加之当权的统治者欲以步军统领衙门保障自身利益,从而对其进行维护的私心,步军统领衙门得以在清末民初二十余年的混乱时局里勉力支撑。然,冰冻三尺,非一日之寒,困厄之局,非人力所能改。步军统领衙门作为从属古制的职能机构,虽有诸多改革,却始终未能把自身带离旧世界的沉疴,获得崭新的发展机遇。新旧交替时期尚存的作用,在新兴警政机构的不断完善中渐渐失去。而统治者欲利用提署对自己的统治进行维护的想法,也随着满汉差异的缩小、统治者自身拥有强大的军事实力不再需要借助步军统领衙门的力量巩固统治而消失。再多的抗争和努力,终究无法敌过清末民初风起云涌的发展大势,民国肇基十三年后,浩浩汤汤的时代潮流终于将古老的步军统领衙门推向末路。步军统领衙门归并于京师警察厅,自此,“九门提督”、“步军统领”和“大金吾”等称谓同那段波诡云谲的岁月一起沉入了历史的漩涡。