梅花鹿(Cervus nippon)和马鹿(Cervus elaphus)分别为国家 I级、II级重点保护动物，不仅具有很高的经济药用价值，而且还有重要的生态保护价值。由于生境受到人类破坏日益严重，导致野生梅花鹿和野生马鹿数量急剧下降，近年来发现东北野生梅花鹿和野生马鹿的活动区域有重叠。如何研究和保护现有的两个种群成为今后研究的重点，本研究对于东北地区野生马鹿和梅花鹿遗传多样性进行研究。分别于2015年1月~2015年12月和2016年1月~2016年12月在老爷岭地区的吉林省汪清林业局与黑龙江省穆棱林业局共采集了240份疑似野生梅花鹿和疑似野生马鹿粪便样品，使用粪便 DNA提取试剂盒 Qlamp DNAstool Mini Kit进行 DNA提取。　　本研究利用线粒体DNA cyt b基因序列鉴定在中国东北地区采集的疑似野生梅花鹿和疑似野生马鹿粪便样品是否属于梅花鹿和马鹿，利用微卫星标记对野生梅花鹿和野生马鹿样品进行个体识别，利用线粒体DNA cyt b基因、微卫星比较野生梅花鹿和野生马鹿的遗传多样性差异，得到结果如下：⑴通过基因Bank Blast比对线粒体DNA cyt b基因序列确认粪便样品的物种来源，鉴定240份样品中有23份是梅花鹿粪便样品，其中37份马鹿粪便样品。⑵分别采用9对和12对微卫星引物，通过基因分型进行梅花鹿和马鹿个体识别。确定23份是梅花鹿粪便样品来自于17个个体，37份马鹿粪便样品来自于22个个体。⑶野生梅花鹿单倍型为6个，野生马鹿种群单倍型为5个，单倍型多样性和核苷酸多样性，比其他研究者得出的东北亚种单倍型多样性和核苷酸多样性要低。