河西走廊自然生态系统脆弱,土壤荒漠化严重,但生境中蕴藏着丰富的微生物资源。荒漠土壤中微生物生存适应机制及其生态系统功能对揭示干旱区物质转化过程具有重要意义。本文沿河西走廊东南至西北自然降水递减梯度下设置16个样带,通过野外样带设置、调查取样、室内土壤理化性质测试、数据收集处理,植物群落结构（物种数、高度、盖度、地上生物量）、土壤机械组成（石砾、沙粒、粉粒、黏粒）与土壤理化性质（p H、电导率、土壤水分、解碱氮、速效钾、有效磷、全钾、全氮、全磷、有机质）等因子,并使用单因素方差分析探究环境因子水平空间上的差异;采用高通量测序技术探究土壤细菌和真菌群落多样性特征;Pearson相关性分析和冗余分析探究气候特征、植物群落特征、土壤理化性质与微生物群落结构、多样性的相关性。研究的主要结果与结论如下:（1）土壤机械组成表明:河西走廊东部3个样带土壤沙粒（Sand）含量大于90%,说明东部地区以沙质荒漠为主,中部样带粉粒（Silt）含量大于10%,说明中部地区为壤质荒漠,西部样带石砾（Gravel）含量均大于10%,粉粒（Silt）和黏粒（Clay）含量大于10%,说明西部地区砾质荒漠与壤质荒漠交叉分布。土壤p H值在8.39~9.40之间,说明河西走廊荒漠土壤呈碱性,土壤有机质（SOM）、全磷（TP）、全氮（TN）、全钾（TK）含量说明其丰缺程度为低或极低,速效磷（AP）含量呈极高水平,且AP含量在中部地区显著高于东西部（P＜0.05）。植物特征研究发现河西走廊荒漠16个样带的植物优势物种数多在2~5之间,植物匮乏;植物高度在23.20~68.43 cm之间,以灌木和草本植株为主;Margalef指数表明中部地区物种丰富度高于东部和西部,Shannon指数表明东部和中部物种多样性指数高于西部,16个样带的物种是极不相似的,且植物物种沿降水梯度的替代速率呈无规律变化。（2）河西走廊荒漠土壤细菌优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,中部地区以Firmicutes为主,东部古浪县南湖乡样带、民勤县红崖山水库样带以及西部地区样带以Proteobacteria为主,东部古浪县黄花滩样带和民勤县青土湖样带以Actinobacteria为主;真菌优势菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）。研究区16个样带细菌ACE指数和Chao1指数差异显著（P＜0.05）,说明细菌丰富度变化明显;东西部样带的细菌Shannon指数显著高于中部（P＜0.05）,Simpson指数则相反,说明东西部样带微生物多样性高于中部。真菌ACE指数和Chao1指数在东西部显著高于中部样带（P＜0.05）,说明东西部土壤真菌丰富度显著高于中部;中部地区土壤真菌Shannon指数高于东部和西部,Simpson指数中部地区低于东西部,说明中部样地土壤微生物多样性高于东西部。细菌PCo A分析与UPGMA Tree表明河西走廊东部古浪县黄花滩和民勤县青土湖样带群落结构相似,中部6个样带群落结构相似,东部古浪县南湖乡、民勤县红崖山水库与西部除瓜州县城西样带外的5个样带群落结构相似,西部瓜州县城西样带与其它样带群落结构差异较大。真菌PCo A分析与UPGMA Tree表明:河西走廊中部样带群落结构相似,瓜州县城西和瓜州县北夹湖样带群落结构相似,其它样带群落结构相似。（3）Pearson相关性分析表明:地面气压（SP）、平均气温（MAT）显著影响细菌丰富度（P＜0.05）;风速（AWS）、粉粒、黏粒（Clay）、土壤水分（SW）显著影响细菌多样性（P＜0.05）;海拔（ASL）、降水量（MAP）、蒸散量（EP）、SP、MAT、Gravel、Sand、Silt、Clay、SOM、速效钾（AK）、速效氮（AN）、SW显著影响真菌丰富度（P＜0.05）;SP、MAT、Gravel、EP和Clay含量显著影响真菌多样性（P＜0.05）。RDA分析表明:Margalef指数、AWS、Clay、AP和SOM显著影响土壤细菌群落（P＜0.05）,Shannon指数、AWS、MAP、EP、Clay、p H、SW和TN含量显著影响真菌群落结构（P＜0.05）,因此,微生物群落结构及多样性受环境因子影响显著。本研究表明了河西走廊荒漠土壤微生物群落结构的组成及多样性的变化,解释了环境因子对微生物分布的影响及微生物对土壤生态系统系统发展的作用,为保护生物多样性及荒漠生态服务提供理论参考。