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本文利用ISSR标记技术对栉孔扇贝(Chlamysfarreri)、虾夷扇贝(Patinopectenyessoensis)及其杂交子一代进行遗传关系的分析，以探讨在栉孔扇贝和虾夷扇贝杂交过程中，双亲对杂交子代的遗传贡献大小以及在杂交子代中双亲位点的传递分离特点。从分子水平上探讨为扇贝杂种鉴定提供一种快速、简便、可靠的方法的可行性。并利用同工酶技术分析双亲遗传物质在杂交子代中的表达情况以及杂交子代基因的表达特征。
通过对栉孔扇贝×虾夷扇贝正反单对杂交子一代幼虫进行ISSR标记，分析了双亲位点在杂交子一代中的传递分离方式。从20个ISSR引物中筛选出807和834两个引物进行扩增，正交家系和反交家系均统计了70个清晰稳定的扩增位点。正交家系中双亲和F1共有位点数为27个，占总位点数的38.6％，仅由母本或父本传递给F1的位点数分别为19个和15个，分别占总位点数的27.1％和214％。反交家系中双亲和F1共有位点数为24个，占总位点数的34.3％，仅由母本或父本传递给F1的位点数分别为18个和16个，分别占总位点数的25.7％和22.9％，表明双亲的遗传物质皆传递给了F1代，证实栉孔扇贝×虾夷扇贝属间杂交成功。实验发现两家系中F1在遗传上均偏向于各自的母本，表明母本可能有更多的遗传物质传递给了杂交子代，或者在杂交子代中来源于母本的遗传物质的扩增效率更高一些。另外，在F1中还出现了一定比例的非孟德尔分离位点和非亲位点。
筛选出807、810、834和880四个引物对栉孔扇贝♀、虾夷扇贝♂及其单对杂交子一代幼虫进行ISSR-PCR扩增以鉴定杂交种，共得到153个清晰稳定的扩增位点，其中母本栉孔扇贝的特异位点有38个，父本虾夷扇贝的特异位点有32个，这些特异位点在杂交子代的大部分个体中都有出现。对ISSR扩增图谱的分析结果证实所研究的杂交子代是栉孔扇贝和虾夷扇贝的杂交种。
采用不连续垂直聚丙烯酰胺凝胶电泳法对栉孔扇贝♀、虾夷扇贝♂及其杂交子一代成贝肌肉组织的ADH、MDH、SDH、IDH、ME和SOD共6种同工酶的酶谱进行分析。结果表明：杂交子代的同工酶酶谱与母本栉孔扇贝的相似，而与父本虾夷扇贝的明显不同，说明父本虾夷扇贝的同工酶在杂交子代中没有表达。幼虫阶段的同工酶酶谱亦显示，杂交子代从4细胞期到D形幼虫时期的同工酶酶谱仍与母本栉孔扇贝的相似，父本虾夷扇贝的特异酶带在杂交子代中并没有发现，说明父本虾夷扇贝的同工酶在杂交子代的幼虫阶段仍然没有表达。另外，在对母本栉孔扇贝群体和杂交子代群体的同工酶酶谱进行比较研究时发现，在杂交子代中出现了一定比例的杂合子，因此不能确定杂交子代是由雌核发育而来。