新疆地区由于民族特色与区域独特性,是我国著名的五大牧区之一,羊只存栏量居全国第二位。新疆每年羊场有不同类型传染病发生,给各养殖场造成不同程度的经济损失,同时有些疾病呈慢性病理过程,防控难度很大,严重影响动物生产性能,降低经济效益,危害整个新疆养羊业。目的:对石河子周边羊养殖场进行绵羊支原体肺炎、巴氏杆菌病、绵羊痘、羊口疮和绵羊肺腺瘤5种传染病临床病例调查,同时对病变组织进行病理学观察。对临床发病的绵羊支原体肺炎病例与人工感染支原体模型进行病理组织学比较,探明石河子周边地区羊5种传染病的发生情况,为该地区羊群发病的临床诊断提供科学依据。方法:在2019年至2020年期间,采用流行病学调查和病理解剖的方法对石河子周边羊场石河子1号场、石河子2号场、玛纳斯县某种羊场和芳草湖镇某羊场开展临床发病病例调查。采集病羊及疑似病羊的鼻拭子与肺脏组织利用分子生物学PCR技术进行检测,将检测到的病原序列与国内外代表株进行比对;采集淘汰病羊的不同组织进行固定、切片、染色和观察。结果:1.石河子周边羊场羊四个养殖场均有不同的传染病发生,将所采集的鼻拭子与收集到的组织样品进行了5种传染病核酸检测,临床样本的核酸检测阳性率分别为:绵羊支原体肺炎43.58%（17/39）、绵羊痘12.82%（5/39）、羊口疮5.12%（2/39）、巴氏杆菌病5.12%（2/39）、绵羊肺腺瘤2.56%（1/39）。但绵羊痘并非自然感染,而是由于免疫失败引发,与巴氏杆菌混合感染。2.从收集到的病羊不同组织进行病理学观察,（1）绵羊支原体肺炎:自然感染病例肺部未出现明显的间质增生性肺炎病变,肺部主要病变为化脓、气肿、纤维增生与大量炎性细胞浸润;心肌纤维致密,心肌有轻微坏死;肝脏并无明显病变;脾脏白髓区生发中心变大;肾小囊中有轻微蛋白渗出,肾小球毛细血管充血;肩前淋巴结有大量巨噬细胞。（2）巴氏杆菌病与绵羊痘混合感染:肺部出现明显化脓团块,肺泡腔出血,肺间隔毛细血管充血;肝脏化脓性坏死;脾脏大量充血、出血,有大量炎性细胞;肾小管间毛细血管充血严重;乳腺间质毛细血管充血,腺泡内大量上皮细胞增生。（3）羊口疮感染:心血管充血明显;肝脏、肾脏和肠系膜淋巴结无病变;脑组织有轻微出血;舌部有严重坏死;口腔粘膜出现水肿;颌下淋巴结中淋巴滤泡增宽。（4）羊口疮、绵羊痘各组织均未见典型的病毒包涵体;（5）人工感染绵羊支原体肺炎:支气管周围充血充血,细支气管周围炎性细胞浸润,肺间质增宽明显。3.对病原PCR检测结果进行测序,利用BLAST在线比对和MEGA7分析其遗传变异。结果表明,绵羊支原体肺炎病原同源关系最近的是日本株（WP117207184）同源性为82.69%;巴氏杆菌病原与海南株（WP139639179）同源性为100%;羊口疮病原序列同源性最近的是吉林株（MG712417）为97.75%;绵羊肺腺瘤病原同源性最近的是广东株（MK164396）为93.49%。玛纳斯县某种羊场绵羊支原体肺炎发病率较高,呈散发,并无其他疾病。石河子1号场羊绵羊痘呈散发性,但是该病是由于当地免疫失败引起,经测序,确诊为疫苗毒。巴氏杆菌病呈散发病例。石河子2号场多发也为绵羊支原体肺炎,羊口疮发生较少,巴氏杆菌零星发生。其中4个养殖场中,经检测绵羊支原体肺炎发病较为普遍,其中玛纳斯县某种羊场绵羊支原体肺炎发病率最高,芳草湖镇某羊场肺炎发生率为42.85%。人工感染的绵羊支原体肺炎在组织病理学上呈典型的间质性肺炎,而自然感染病例组织学并不显著。结论:本项研究通过临床病理学及分子生物学对石河子周边地区羊五种传染病进行调查研究,用来丰富和完善新疆关于临床中疾病的研究成果,努力从分子水平上来进一步认识疾病的发生和发展,了解石河子地区病原与其他地区的遗传差异,为临床人员和兽医提供诊断和防控的科学依据。