1型糖尿病儿童肠道菌群谱分析研究

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[目的]通过16SrRNA基因测序方法探索T1DM儿童肠道菌群结构变化的特征,并比较T1DM儿童与健康儿童间肠道菌群的差异。[方法]本研究选取2018年10月-2019年10月在昆明市儿童医院内分泌遗传代谢科住院并初诊为T1DM的5-14岁儿童18例,同时选取19例性别、年龄相近的健康儿童为研究对象,分别收集两组儿童的新鲜粪便标本,严格在干冰低温条件下运送至昆明嘉桑科技有限公司实验室,利用基因提取试剂盒提取两组粪便样本的细菌总DNA,经由PCR扩增16SrRNA的V3-V4高可变区、PCR产物纯化、文库构建后使用MiSeq平台进行上机测序。基于测序结果继而采用QIIME2分析流程进行数据优化、Feature聚类分析、菌群结构组成分析、α多样性分析、β多样性分析、LEfSe菌群差异分析等多种微生物信息学分析,比较T1DM儿童与健康儿童两组间肠道菌群的差异。最后,通过ROC曲线和AUC初步评估细菌生物标志物对T1DM潜在风险评估的价值。[结果]1.本次纳入研究的T1DM儿童和健康儿童在年龄、性别、BMI、出生方式上均无显著统计学差异(P>0.05)。与健康儿童比较,T1DM儿童的FBG、HbA1c、GSP明显偏高(P<0.01),而C-PEP和INS明显偏低(P<0.01)。糖尿病自身抗体谱结果显示18例T1DM儿童中,每个患儿至少有一项抗体呈阳性(100%),而抗体阳性数目≥2项有9例,占据总人数的49.5%。2.37例样本共获得2150550条有效序列,其中T1DM组有效序列1203581条,平均每个样本序列数有66865条,有效序列评价读长为411.26bp,而健康对照组有效序列946969条,平均每个样本序列数有49840条,有效序列评价读长为415.19bp,两组Q20%平均达96%以上。3.利用QIIME2软件将相似度100%的序列聚类分析后共获得3248个Feature数。4.经物种鉴定及注释,绝大部分菌群都分类到了属级和种级。菌群组成分析中,在门分类水平上,T1DM儿童放线菌门、拟杆菌门和Cyanobacteria菌门丰度显著增高,而变形菌门、杆菌门的丰度降低(P<0.05);在属水平上,T1DM儿童粪杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属和其他菌属的丰度较健康儿童增高(P<0.01),而Escherichia_Shigella菌属、Blautia菌属、肠球菌属丰度降低(P<0.05)。5.α多样性分析说明本次研究测序深度充分,能覆盖所有肠道菌群,并且T1DM儿童肠道物种的丰富度及多样性较健康儿童降低(P<0.05)。6.β多样性分析中,PCoA图显示T1DM儿童与健康儿童间肠道菌群结构存在差异,并且经ANOSIM分析界定为中等程度差异(R=0.51);UPGMA聚类分析显示,两组间样本呈各自聚类的趋势,而组内各样本菌群结构相似性高聚类在一起。7.LEfSe分析显示在T1DM儿童肠道中,双歧杆菌属、双歧杆菌科、双歧杆菌目、放线菌纲、放线菌门、瘤胃菌科、Bifidobacterium_pseudocatenulatum菌种、拟杆菌目、拟杆菌纲、拟杆菌门、拟杆菌科、拟杆菌属、粪杆菌属丰度显著增加,而芽孢杆菌纲、乳酸杆菌目、Gammaproteobacteria菌纲、变形菌门、肠杆菌科、肠杆菌目、Escherichia_Shigella_unclassified 菌种、Escherichia_Shigella 菌属丰度明显下降,T1DM儿童及健康对照儿童在门、纲、目、科、属、种6个级别均具有显著差异影响力的细菌生物标志物,其中T1DM儿童肠道有13个独特的细菌生物标志物,健康对照组有8个。8.ROC曲线分析显示拟杆菌门和放线菌门对于预测T1DM潜在风险具有一定评估价值。[结论]1.T1DM儿童存在肠道菌群生态失衡,并且菌群物种的丰富度及多样性降低;2.T1DM儿童肠道菌群中有独特的细菌生物标志物,本次研究筛选出的拟杆菌门和放线菌门这两个细菌生物标志物可能具有潜在的T1DM风险评估价值。
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