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航空运输业在经济与社会的发展中发挥着越来越重要的作用，航空公司的发展与绩效也成为大家关注的问题。随着两岸直航的进一步发展和逐渐定期化，两岸航空公司都看好直航市场，航空公司之间的联系愈加紧密，因此两岸航空公司的运营效率如何值得探讨。本文对两岸上市航空公司的效率和影响因素进行了研究和分析。 首先，本文对航空运输业的特性和两岸上市航空公司的运营特点做出分析。其次，根据两岸上市航空公司可能具有异质性的特点，选择了适合评估同一产业内不同性质系统的DEA两系统模式来评估效率。第三，本文在确定了样本选取和投入产出项的选择后，先对两岸航空公司的生产前沿面进行检验，判断是否具有异质性。经检验，确定了两岸航空公司属于同产业内不同系统。在这个结论的基础上，利用两系统模型将两者效率值进行对比分析，再利用Tobit模型对影响航空公司效率的因素进行探讨。得出结论如下:(1)台湾上市航空公司的整体运营效率高于大陆上市航空公司。(2)经营国际航线的上市航空公司运营效率高于经营国内航线的上市航空公司。(3)两岸上市航空公司在研究期间内投入需要改善的程度在降低。(4)长荣航空公司在所有的航空公司中表现最好。(5)对两岸航空公司效率有显著影响的因素为员工受教育程度、资产负债率和总资产周转率。最后，本文针对两岸上市航空公司发展中存在的问题，提出了相应的政策建议。