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为了更系统地分析禽流感病毒致病力的分子基础，摸清其遗传变异规律，本研究通过大规模的禽流感序列比对分析，生物信息学分析，有如下发现：
1、本研究对NS1的C末端PDZ结合区域的最后4个氨基酸进行了物种之间的分类统计，发现NS1的C端motif有非常明显的“类人”和“类禽”型特征；对NS1蛋白两个结构域的中间序列对比分析，也发现了比较明显的“类人”和“类禽”型特征。在GenBank中的NS1序列，拥有“类禽”型motif的人禽流感毒株都具有高致病力。
2、本研究选取NP的5UTR序列(包括人和禽类)进行了分析统计，找出了其中非常保守的区域和一些突变频繁的位点，发现人和禽两个物种的5UTR序列有明显的特异性，而且“A-box”也相当保守。禽的5UTR的第4和第9个核苷酸不太保守，其他位置都相当保守；而人的第7、9、11、12个核苷酸不太保守，其他位置核苷酸都相当保守。
3、NA(Neuraminidase，神经氨酸酶)蛋白有9个亚型，本研究对其每个亚型进行了序列比对，发现了各亚型之间的序列特点，其40～80氨基酸区域是NA蛋白9个亚型中变化最频繁的区域，有缺失、插入、突变率高等特点。这说明该区域对NA十分重要，40～80区域可能是其杆部的一部分。由于NA是禽流感的高突变基因之一，通过对NA的40～80区域分析可成为区分其亚型的主要依据。
4、对GenBank数据库中的所有H5N1禽流感基因组编码的10个蛋白：HA、NA、PB1、PB2、M1、M2、NS1、NS2、NP、PA用图形进行分类，发现不同组合的禽流感毒株具有不同的致病力。通过这种组合分析，能够很容易发现病毒致病力的高低。
5、本研究对青海、香港、广西等国内外16个国家和地区的H5N1毒株进行进化树分析，根据其中的3个进化树的结果(HA、NA、HANA)，发现一些进化关系。